Ближайшим помощником М.О. Попеля по управлению епархией стал назначенный в 1871 г. секретарь Холмской консистории протоиерей Иоанн Гошовский, бывший секретарь Михаила Куземского. Их общими усилиями на рубеже 1860 и 1870 гг. создавались условия, при которых не согласные с делатинизацией униатской клирики в массовом порядке переводились в Галицию, а в клир Холмской епархии продолжали принимать прорусски настроенных служителей из Львовской и Перемышльской епархий. В 1871 г. число новоприбывших священников-галичан в епархии составляло 75 человек, из них сорок человек – в Люблинской губернии, 35 человек – в Седлецкой губернии. Также с 1868 г. до 1880 гг. в Холмскую духовную семинарию набирались большие группы выходцев из Галиции. Такая деятельность М.О. Попеля вызывала недовольство в Риме. В энциклике «Omnem sollicitudinem» («О греко-восточном обряде») от 13 мая 1874 г., направленной униатскому митрополиту Галицкому и Львовскому Иосифу Сембратовичу и подчинённым ему архиереям, папа Римский Пий IХ осудил деятельность М.О. Попеля, назвав его псевдоадминистратором. В частности, в энциклике было подвергнуто критике распоряжение М.О. Попеля от 3 октября 1873 г. об очищении униатских церквей Холмщины от латинских примесей как «вносящих новшества в святую литургию в схизматическом духе». Также говорилось о недействительности указов М.О. Попеля, поскольку он, по словам папы Римского, захватил власть в Холмской епархии без согласия Святого Престола и «вошёл во двор овчий не дверью, а другим путём», поэтому должен отказаться от управления епархией. Фактически папа Римский поддержал сохранение латинизации богослужений в Холмской епархии, хотя это противоречило решениям Замойского собора и другим униатским правилам. В 1874 г. изгнанный из Холмщины униатский священник И. Боярский издал во Львове книгу с критикой деятельности М.О. Попеля «Разбор распоряжения священника Попеля, псевдоадминистратора Холмской епархии, изданного с целью разрушения католической религии в униатском обряде». М.О. Попель характеризовался автором как «новый Семашко», в книге сообщалось о подавлении властями униатских волнений на Холмщине и в Подляшье, что расценивалось как «преследование настоящих униатов». Именно М.О. Попель инициировал подписание соборного акта от 18 февраля 1875 г. о соединении униатской Холмской епархии с православной церковью. Соборный акт холмского духовенства с изъявлением желания воссоединиться с православной церковью подписали руководящие лица униатской церкви на Холмщине: администратор епархии М.О. Попель, ректор Холмской духовной семинарии протоирей Ипполит Криницкий, секретарь Холмской консистории и настоятель Рождество-Богородичного собора протоиерей Иоанн Гошовский и другие клирики Холмского деканата. 25 марта 1875 г. делегацию духовенства и мирян епархии, которую возглавлял М.О. Попель, принял в Санкт-Петербурге император Александр II. М.О. Попель выступил с приветственной речью, в которой сравнил тяжёлые испытания, перенесённые «Холмской Русью», с испытаниями ветхозаветного праотца Иова; подчеркнул, что возвращение Холмщины в лоно православной церкви является «возвращением в объятия русской народности». Официальная церемония воссоединения Холмской греко-униатской епархии с православной церковью состоялась в храме великомученицы Варвары в Холме 11 мая 1875 г., в день памяти святых Кирилла и Мефодия. В честь этого события было совершено торжественное богослужение, которое возглавил архиепископ Варшавский и Новогеоргиевский Иоанникий (Горский).