В православие перешли 87 приходов с 62 священниками и 93 тыс. прихожан в Седлецкой губернии и 147 приходов со 134 священниками и 132,6 тыс. прихожан в Люблинской губернии, девять приходов с шестью священниками и 11,6 тыс. прихожан в Сувалкской и Ломжинской губерниях. При этом на территории Холмщины оставались и униатские приходы, не пожелавшие воссоединиться: в Соколовском благочинии Седлецкой губернии – 22 (22 священника и 25 тыс. прихожан) и в Варшаве – один приход (священник и 2 тыс. прихожан). 1 мая 1875 г. решением Синода М.О. Попель был назначен епископом Люблинским, викарием Холмско-Варшавской епархии, с местом проживания в Холме; 8 июня 1875 г. в Исаакиевском соборе Санкт-Петербурга состоялась его хиротония. Маркелл стал одним из немногих архиереев Русскорй православной церкви, который был хиротонисан во епископа без предварительного пострижения в монашество, как и его предшественник по борьбе с унией митроиолит Иосиф (Семашко). Также Маркелл принадлежал к числу немногих викариев, имевших особые полномочия, близкие по уровню к полномочиям правящего архиерея. При нём существовало Холмское духовное правление, преобразованное из бывшей Холмской униатской епархиальной консистории. Указ Синода о составе духовного правления, а также специальная инструкция Люблинскому епископу были приняты 27 мая 1875 г. Новую инструкцию о функциях Маркелла Синод утвердил 2 февраля 1876 г., после доклада приехавшего в Санкт-Петербург нового епископа. В инструкции впервые давалось определение, что Люблинский епископ «непосредственно заведывает воссоединёнными с православием бывшими греко-униатскими церквами, руководствуясь церковными и гражданскими постановлениями». Также оговаривалось, что во всех необходимых случаях Маркелл входит в сношение с гражданскими властями непосредственно или через Холмское духовное правление, т.е. минуя правящего архиерея. Маркелл инициировал перестройку в «православном духе» и 11 мая 1878 г. совершил освящение холмского Рождество-Богородичного собора. 9 декабря 1878 г. Маркелл был переведён на Каменец-Подольскую и Брацлавскую кафедру. Причина удаления из Холма состояла в том, что привлечённые Маркеллом на приходы Холмщины галицкие священнослужители образовали влиятельную группу с ним во главе. Эта группа неоднократно вступала в конфликты с местными клириками и, по некоторым сведениям, способствовала удалению 16 ноября 1875 г. с кафедры Холмско-Варшавского архиепископа Иоанникия (Горского). Однако, по свидетельству протоиерея Николая Ливчака, реальными причинами удаления архиепископа Иоанникия (Горского) стали игнорирование тем прав Маркелла как полусамостоятельного викария и ведение им церковными делами Холмщины без ведома и участия викария. В 1875 г. архиепископ Иоанникий (Горский), несмотря на протесты Маркелла, уволил воссоединённых униатов с должностей законоучителей всех четырёх гимназий Холмщины (в Холме, Беле (ныне Бяла-Подляска), Замостье и Грубешове (ныне Хрубешув)) и назначил не местных, «пришлых» клириков. Кроме того, архиепископ Иоанникий (Горский) косвенно поддержал травлю, которую польско-католическая партия совместно с ополяченными чиновниками местной администрации Холмщины начала проводить против тех перешедших в православие клириков, которые «проявляли излишнюю активность» (а именно боролись за искоренение элементов латинства, за недопущение «двоеверия», т.е. причащения и заказывания треб среди новоприсоединённых к православию прихожан в костёлах, и т.д.).