После пыток Юлиан вновь начал склонять братьев к отречению от веры, сказав, что намеренно не стал прибегать к более изощрённым пыткам в надежде на то, что посланники образумятся. Но братья заявили, что чем сильнее будут их мучения за Христа, тем больше духовной радости им это принесёт. Заметив, что самый смелый и красноречивый из троих – Мануил, Юлиан разлучил его с Савелом и Исмаилом, а сам обратился к ним с льстивыми речами, убеждая их в том, что они совсем не похожи на злого упрямого брата своим кротким нравом и благоразумием и без сомнения спасут себя, если принесут жертву идолам. Но Савел и Исмаил обличили уловку Юлиана. Раздражённый стойкостью братьев император велел прижигать их тела факелами, затем вбить гвоздь в голову каждому, под ногти рук вогнать спицы и только потом обезглавить. Для казни их привели в скалистую местность к стене Константина. Перед тем как отойти ко Господу, Мануил, Савел и Исмаил вновь горячо молились за окружавших их заблудших язычников и услышали глас с небес, призывавший их получить венцы славы. Обезглавленные тела мучеников палачи Юлиана хотели сжечь, но внезапно произошло землетрясение, и пласт земли, где лежали тела, погрузился в бездну, скрыв останки святых от поругания. Многие видевшие это обратились ко Христу. После двухдневного моления на месте казни мучеников вновь случилось землетрясение, и тела, от которых исходило благоухание, вознеслись из бездны. Мощи были с честью погребены на том же месте, от них происходили многочисленные исцеления. Император Юлиан после казни посланников отправился в поход на Персию, потому что мир так и не был заключён, но несмотря на то, что языческие жрецы предсказывали ему победу, император погиб в битве с персами. Персидский шаханшах Аламундар или Валтан из исторических источников исследователям неизвестен. Во время, к которому относится кончина Мануила, Савела и Исмаила, в Персии правил Шапур II из династии Сасанидов, гонитель христиан. Исследователи полагают, что в агиографических текстах речь идёт не о самом шаханшахе, а о военачальнике или правителе некой местности. Алексей Владимирович Муравьёв предположил, что имена правителей в Мученичестве могли носить исторические лица. Так, Валтан, по его мнению, может быть искажением персидского имени Вахрам (Бахрам), а что касается имени Аламундар, то это устойчивая греческая транскрипция арабского имени Мунзир (аль-Мунзир, аль-Мундир). Однако первый известный исследователям правитель с этим именем – аль-Мундир I из арабской династии Лахмидов (столицей царства Лахмидов был город Хира; ныне территория Ирака) – жил почти на сто лет позже описываемых событий. Аль-Мундир I поддержал Вахрама V (шаханшах Персии в 420–438 гг.), сына шаханшаха Йездигерда I, в борьбе за персидский престол. А.В. Муравьёв предложил следующее объяснение хронологических нестыковок: во время Византино-персидской войны в 420/421 – 422 гг., участником которой был аль-Мундир I, возможно, на границах Византии, Персии и территории пребывания арабских племён шли некие переговоры. Автор одного из сказаний о Мануиле, Савеле и Исмаиле мог заимствовать арабское имя Мундир (Аламундар) и персидское имя Вахрам (Валтан) и ввести их в контекст возможных переговоров Юлиана Отступника, происходивших столетием раньше.