В русском праве П.А. Лашкарёв выделял право древнее, патриаршее и новейшее, или Синодального периода – от «Духовного регламента» до действующего права в Русской церкви. П.А. Лашкарёву представлялось, что церковно-государственные отношения в России сохранялись такими же, как и в греко-римской и византийской цивилизации: «Из всех народов нового мира народ русский остался наиболее верным государственным принципам мира античного». Труды П.А. Лашкарёва появились как раз в то время, когда на волне реформ императора Александра II во второй половине XIX в. была начата дискуссия о каноничности синодальной системы управления церковью, и вмешательство государства в церковные дела нередко расценивалось негативно. Так, мнения официальных рецензентов о диссертации П.А. Лашкарёва разошлись. Профессор Киевской духовной академии Митрофан Филиппович Ястребов, с удовлетворением отмечая множество привлечённых П.А. Лашкарёвым источников на греческом и латинском языках, указал на новизну работы: «Автор имеет целью определение новых задач и новой постановки проблемы для науки о церковном праве». Рецензент профессор Киевской духовной академии Михаил Георгиевич Ковальницкий подверг диссертацию жёсткой критике на основании того, что П.А. Лашкарёв высказал в ней недовольство «исследованиями учёной обработки права нашей церкви», пребывавшими под католическим и протестантским влиянием. В свою защиту П.А. Лашкарёв отметил предвзятость М.Г. Ковальницкого, который построил критику диссертации на основании ранних работ автора («Об отношении древней христианской церкви к христианскому государству». 1873 г. [актовая речь]; «Отношение римского государства к религии вообще и к христианству в особенности до Константина Великого включительно». Киев, 1876 г.). Однако и вторая попытка защиты П.А. Лашкарёву не удалась. Посланная в 1896 г. на рассмотрение в Казанскую духовную академию профессору Илье Степановичу Бердникову работа была сочтена невозможной для получения учёной степени доктора. Резолюция об этом была отправлена в Синод и доведена до сведения П.А. Лашкарёва в 1897 г. Переживания были столь сильными, что в короткий срок П.А. Лашкарёв пережил два инсульта, однако полностью сохранил не только работоспособность, но и «верность своим идеям», которую «запечатлел учёным мученичеством». П.А. Лашкарёв активно участвовал в подготовке XI Всероссийского археологического съезда, прошедшего в Киеве в 1899 г., которому посвятил подготовленный по просьбам друзей сборник своих работ «Церковно-археологические очерки, статьи и рефераты» (1898 г.). П.А. Лашкарёв нашёл силы выступить 18 августа на заседании съезда, представив доклад с итогами обследования Спасо-Преображенского собора в Чернигове (верность его выводов была полностью подтверждена Дмитрием Власьевичем Айналовым и Фёдором Фёдоровичем Горностаевым в 1908 г.). Это было последнее публичное выступление П.А. Лашкарёва, скоропостижно скончавшегося через несколько дней от сердечного приступа. Погребение совершили епископ Чигиринский Димитрий (Ковальницкий), ректор Киевской духовной академии, и епископ Каневский Сильвестр (Малеванский). Похоронен на территории киевского Флоровского монастыря возле Казанской церкви; могила не сохранилась.