Луцифер рукоположил по просьбе евстафиан во епископа Антиохии Павлина I. Появление в Антиохии второго никейского епископа привело к началу длительной Антиохийской схизмы, осложнившей отношения между восточным и западным епископатом. Прибывший из Александрии в Антиохию Евсевий Верцелльский, стремившийся взять на себя миротворческую миссию объединения всех православных Антиохии, был очень раздосадован действиями Луцифера. Узнав о рукоположении Павлина I, Евсевий Верцелльский не вступил с ним в общение и уехал на Запад. Луцифер, в свою очередь, был оскорблён тем фактом, что Евсевий Верцелльский не принял рукоположённого им епископа. Он даже вознамерился не признавать постановления Александрийского Собора 362 г., которые, очевидно, казались ему слишком примирительными, но его удержало осознание того, что его собственные представители подписали соборный томос. Через некоторое время Луцифер вернулся на Сардинию. О последних годах его жизни достоверных свидетельств в источниках почти нет; есть лишь указания на поездку Луцифера в Рим и посещение им по пути Неаполя, где он отказался встретиться с арианским епископом Зосимом. Сообщая о смерти Луцифера, Иероним Стридонский отмечает, что тот «никогда не был соучастником арианской порочности». В конце IV в. существовала раскольничья группа луцифериан, однако исследователям неясно, возникло ли это течение ещё при жизни или уже после смерти Луцифера. Руфин Аквилейский и Амвросий Медиоланский прямо называют Луцифера основателем раскола. Иероним Стридонский высказывается более осторожно, отмечая, что Луцифер, хотя и был «добрым пастырем», в то же время, «отделив несколько овец, бросил остальное стадо». Сульпиций Север указывает, что Луцифер не имел общения с епископами, участвовавшими в омийском Аримино-Селевкийском Соборе 359 г., которые потом, покаявшись, перешли на никейские позиции, а также со всеми православными епископами, которые приняли их покаяние. В то же время сам Сульпиций Север отказывается от категорического осуждения радикальной позиции Луцифера.