Инициативная группа обратилась в правительство УССР с просьбой о регистрации её деятельности. 18 июня она получила согласованный с высшим партийно-советским руководством документ за подписью уполномоченного по делам РПЦ при правительстве УССР Павла Семёновича Ходченко. В нём группа признавалась временным административным органом, наделённым правами руководить приходами УГКЦ в западных областях Украины и проводить их воссоединение с РПЦ под контролем уполномоченных Совета по делам РПЦ при правительстве УССР и областных исполкомах. Вскоре Инициативная группа развернула активную деятельность во Львовской, в Дрогобычской, Станиславской и Тернопольской областях УССР. По благочиниям (деканатам) УГКЦ проводились конференции духовенства. Как правило, на них зачитывалось обращение Инициативной группы, затем был доклад по истории унии, после чего священникам предлагалось подписать прошение о присоединении к РПЦ. Тогда же обычно намечались кандидаты в делегаты будущего Собора униатской церкви. В большинстве конференций принимал участие Г.Ф. Костельник, пользовавшийся авторитетом среди греко-католического духовенства и мирян. Наибольший отклик идея воссоединения с православием получила среди униатов в Дрогобычской и во Львовской областях, в меньшей степени – в Станиславской области, где значительным влиянием пользовались клирики, выступавшие против Инициативной группы и связывавшие её деятельность с арестами епископов УГКЦ. Решительным противником воссоединения с православием было униатское монашество во главе с архимандритом Климентием (Шептицким). По униатским приходам рассылались послания с обвинениями сторонников Инициативной группы в вероотступничестве. 1 июля архимандрит Климентий (Шептицкий) направил в Москву в адрес В.М. Молотова обращение, в котором обосновывал самостоятельность существования УГКЦ и протестовал против действий Инициативной группы. Обращение подписали настоятели всех 14 греко-католических мужских монастырей и 61 униатский священник (по другим данным, под обращением стояли подписи около 300 клириков УГКЦ). Ответа на обращение сторонников сохранения унии не последовало. 16–17 июля делегация униатов, противников воссоединения с РПЦ, провела в Киеве переговоры в Совете по делам религий при Совнаркоме УССР. Заявив о лояльности униатов к советской власти, члены делегации просили «оставить греко-католическую Церковь в таком виде, в каком она до сих пор существовала» и разрешить выборы нового главы УГКЦ. В ответ деятельность оппонентов Инициативной группы была названа незаконной. Активные противники воссоединения с РПЦ подвергались административному давлению, высылкам (так, архимандрит Климентий (Шептицкий) был выслан из Львова в униатский Уневский Успенский монастырь), в дальнейшем – арестам, которые обычно обосновывались сотрудничеством с немецкими оккупационными властями и поддержкой украинского националистического подполья, что нередко соответствовало действительности. В свою очередь, националистические группировки запугивали униатских клириков и угрожали террором присоединившимся к Инициативной группе, обвиняя их в сотрудничестве с советскими властями.