Для «успешного окончания ликвидации остатков унии» советские власти применяли различные репрессивные меры по отношению к отказывавшимся переходить в православие униатским клирикам. Им отказывали в официальной регистрации, запрещали проводить богослужения в храмах, их облагали повышенными налогами, для них повышалась арендная плата за жилые и хозяйственные помещения. Применялись и прямые репрессии. По сведениям МГБ УССР, к 1 марта 1947 г. было арестовано 190 «активных агентов Ватикана» из числа духовенства УГКЦ и 135 мирян. Всего, согласно докладу Совета по делам РПЦ, представленному в аппарат Совета министров СССР в сентябре 1956 г., отказались присоединиться к православию 590 священнослужителей УГКЦ, из которых были арестованы и осуждены 344 человека. Но репрессии властей в то время затронули и православное духовенство Западной Украины, в том числе ближайших соратников Г.Ф. Костельника по Инициативной группе. Террор против православных священников вели и украинские националисты. 20 сентября 1948 г. их жертвой стал главный организатор Львовского Собора протопресвитер Гавриил Фёдорович Костельник. Ни постановления Львовского Собора, ни мероприятия советских властей не привели к полной ликвидации унии на Западной Украине. Официально прекратив существование в СССР, униатская церковь продолжала действовать нелегально. В конце 1950 – начале 1960 гг. на западе Украины насчитывалось больше 80 не имевших регистрации греко-католических общин со своими священниками. Сохранению и даже укреплению влияния униатской церкви на значительную часть населения Западной Украины во многом способствовала политика советской власти, её грубое административное вмешательство в религиозную сферу. В результате УГКЦ обрела образ «гонимой Церкви», «одухотворителя национально-освободительной идеи», а православие отождествлялось с беззаконием и русификацией. С изменением политической ситуации в конце 1980 гг. униатская церковь вышла из подполья и, получив легальный статус, при попустительстве, а затем и поддержке местных властей развернула агрессивную кампанию по захвату православных храмов. При этом на совместных переговорах в марте 1990 г. официальных представителей Ватикана, УГКЦ, Московского патриархата и Украинского экзархата РПЦ униаты отказались от раздела храмов между конфессиями по результатам соотношения православных и греко-католиков в каждом приходе, заявив о якобы незаконной смене принадлежности этих храмов после 1946 г. В результате большинство храмов в Западной Украине было захвачено униатами, а православные епархии подверглись разгрому. Тем не менее, даже в условиях насильственного рецидива унии греко-католическая церковь не сумела вернуть себе в Галиции доминирование над православием, каким униаты пользовались до 1946 г. В настоящее время (например, во Львовской области) приходы УГКЦ составляют лишь немногим больше половины всех зарегистрированных религиозных организаций, что исследователи считают несомненным результатом Львовского Собора.