Также митрополит Андрей Шептицкий отправил письмо председателю Совета по делам религиозных культов при Совнаркоме СССР Ивану Васильевичу Полянскому с предложением принять в Москве делегацию униатского духовенства для переговоров по урегулированию вопросов деятельности УГКЦ в Советском государстве. Высшее партийно-советское руководство с 1943 г. проводило политику предоставления религиозным конфессиям определённых прав и возможностей для развития, но под строгим контролем государственных органов. В отношении униатской церкви советские власти также первоначально склонялись к предоставлению ей легального статуса. В октябре 1944 г. Совет по делам религиозных культов инструктировал администрации западно-украинских областей не препятствовать деятельности греко-католических приходов и монастырей. Была сохранена в виде исключения благотворительная униатская больница во Львове, студенты греко-католических духовных школ освобождались от призыва в армию. Ставший после кончины митрополита Андрея Шептицкого 1 ноября 1944 г. новым главой УГКЦ митрополит Иосиф Слипый направил в декабре того же года в Москву делегацию во главе с архимандритом Климентием Шептицким (братом покойного митрополита). В Совете по делам религиозных культов членам делегации сообщили, что УГКЦ сможет действовать в СССР на тех же правах, что и другие конфессии: греко-католические приходы получат официальную регистрацию в местных органах власти, будут сохранены и униатские образовательные учреждения. Однако делегацию информировали, что советские власти ожидают от униатской церкви действенной помощи в борьбе с украинскими националистическими формированиями. Члены делегации уклонились от реальных обязательств по этому вопросу, кроме общих деклараций с осуждением насильственных действий националистов. Вскоре во Львове по инициативе властей состоялись новые переговоры с представителями УГКЦ. Вопрос легализации униатской церкви был поставлен в зависимость от разоружения отрядов украинских националистов. Эти переговоры также окончились безрезультатно. Фактический отказ иерархии УГКЦ способствовать прекращению деятельности националистических формирований, к организации которых она имела непосредственное отношение, исследователи считают главной причиной отказа Советского государства от соглашения с униатской церковью. Первым серьёзным актом, направленным на ужесточение политики в отношении УГКЦ, стало принятие в декабре 1944 г. на республиканской партийной конференции в Киеве резолюции «О недостатках партийной работы во Львове», после чего были арестованы несколько униатских священников за «отклонения от идеологического инструктажа для работников культа». Свою роль сыграл и окончательный отказ руководства СССР от попыток сближения с Ватиканом, после чего произошёл переход к прямой конфронтации с Папским престолом. 7 января 1945 г. центральный печатный орган ВКП(б) газета «Правда» резко раскритиковала рождественское послание папы Римского Пия XII с призывом к миру. Папу Римского обвиняли в том, что он «пытается защищать германских фашистов и оградить их от ответственности».