2 марта того же года председатель Совета по делам Русской Православной Церкви при Совнаркоме СССР Георгий Григорьевич Карпов получил от курировавшего его в правительстве наркома иностранных дел Вячеслава Михайловича Молотова поручение подготовить программу мероприятий по противодействию Ватикану. Очевидно, основные направления этой программы были определены высшим партийно-советским руководством заранее, а Совету по делам РПЦ поручалась разработка детального плана мероприятий. Для борьбы с католической церковью, «ставшей на путь защиты фашизма и добивающейся своего влияния на послевоенное устройство мира», предусматривалось, прежде всего, прекращение деятельности УГКЦ – наиболее многочисленной в СССР религиозной организации, связанной с Ватиканом. Вместо прямой административной ликвидации структур униатской церкви было решено организовать переход её приходов в юрисдикцию РПЦ. С одной стороны, такое решение властей было более щадящим и объективно отвечало чаяниям значительной, если не большей, части верующих Западной Украины. С другой стороны, вовлекая РПЦ в свою политику борьбы с Ватиканом, руководство Советского государства тем самым возлагало на православную церковь долю ответственности за собственные репрессивные действия. 15 марта Г.Г. Карпов представил И.В. Сталину (копии – В.М. Молотову и наркому внутренних дел Лаврентию Павловичу Берии) доклад с планом действий «по отрыву приходов греко-католической (униатской) церкви в СССР от Ватикана и последующему присоединению их к Русской православной церкви». План предусматривал организацию внутри клира УГКЦ Инициативной группы, которая должна была призвать униатское духовенство к переходу в православие. И.В. Сталин завизировал своё согласие с предложениями Г.Г. Карпова. В апреле 1945 г. советские органы госбезопасности провели аресты руководства УГКЦ. Им предшествовала публикация 8 апреля во львовской газете «Вiльна Украïна» статья «С крестом или ножом», в которой униатская иерархия обвинялась в антисоветской деятельности, сотрудничестве с немецкими оккупантами и украинскими националистами. 11–12 апреля на Западной Украине были арестованы униатские епархиальные архиереи – Львовский митрополит Иосиф Слипый и Станиславский епископ Григорий Лукич Хомишин, а также их викарные епископы Никита Михайлович Будка, Николай Александрович Чарнецкий и Иван Лятишевский и больше 20 униатских священнослужителей и мирян. Управляющий униатской Перемышльской епархией епископ Иосафат Коциловский и его викарный епископ Григорий Иванович Лакота, которые пребывали на территории, отходившей по советско-польским договорённостям к Польше, были арестованы позднее и этапированы в СССР. Впоследствии все епископы УГКЦ были приговорены к длительным срокам заключения. В это же время Московская патриархия получила возможность для восстановления своих епархиальных структур в Галиции и для публичных выступлений по вопросам исторических судеб православия на Западной Украине (что раньше встречало возражения со стороны Совета по делам РПЦ).