Аргументация этих исследователей, с точки зрения А.П. Лопухина, не внесла ничего нового и оригинального, а являлась лишь неискусным повторением доводов западных учёных критической школы, стремящейся к полному отрицанию «исторического достоинства Библии». А.П. Лопухин подчёркивал богодухновенность священных книг, которая проявляется в том, что, «хотя богодухновенные авторы не ставили своей целью в библейском повествовании раскрывать научные истины или писать всеобщую историю», библейские истины и факты находятся «в полнейшем согласии с наиболее достоверными научными открытиями – как в области природы, так и истории». Основной представитель другой группы оппонентов, профессор Казанской духовной академии Яков Алексеевич Богородский, настаивал на том, что библейская история – это «история истинной религии по руководству и духу Библии», следовательно, в ней нет места описаниям быта и нравов библейских времён. Однако А.П. Лопухин, соглашаясь с профессором Я.А. Богородским, всё же отмечал, что, с его точки зрения, библейская история – это история богоизбранного народа, «одушевляющий принцип всей жизни» которого составляет религия, и именно она делает важными «исторические судьбы израильского народа – не в одном только религиозном отношении, а во всех отношениях его… исторической жизни». По мнению А.П. Лопухина, научное построение библейской истории как раз не может ограничиваться «одним каким-либо исключительным углом зрения», а, находясь «в зависимости от общих методов исторической науки», требует использования «в защиту истин религии новейших результатов научно-исторического знания». Среди переводов А.П. Лопухина богословских сочинений западных авторов исследователи отмечают, прежде всего, сочинения Фредерика Уильяма Фаррара. А.П. Лопухин перевёл практически весь комплекс важнейших сочинений этого автора, включая знаменитые работы «Жизнь Иисуса Христа», «Жизнь и труды святого апостола Павла», «На заре христианства». В переводе А.П. Лопухина были изданы также творения Фомы Кемпийского, произведения Герхарда Ульхорна и других авторов. По мнению исследователей, несомненную ценность имели и фундаментальные многотомные издания, задуманные и начатые А.П. Лопухиным. Представляющая собой уникальный научный проект «Православная богословская энциклопедия», издание которой после смерти А.П. Лопухина было продолжено Николаем Никаноровичем Глубоковским, была доведена лишь до буквы «К». «Толковая Библия» А.П. Лопухина до настоящего времени остаётся наиболее полным и детальным толкованием Библии на русском языке. А.П. Лопухин скончался на 52-м году жизни. Отпевание возглавил ректор Санкт-Петербургской духовной академии епископ Ямбургский Сергий (Страгородский) в сослужении инспектора академии архимандрита Феофана (Быстрова), протопресвитера Иоанна Янышева и академического духовенства. Похоронен А.П. Лопухин на Никольском кладбище Александро-Невской лавры, могила сохранилась. Современники характеризовали А.П. Лопухина как «аскета литературного и учёного труда», отмечали, что он «жил чрезвычайно скромно, почти всё время проводя в стенах своего кабинета», считали его эталоном «диковинного учёного подвижника», особенно обращали внимание на «его миролюбие и доброе расположение к людям».