Собранный в Америке материал позволил А.П. Лопухину написать книги «Жизнь за океаном: Очерки религиозной, общественно-экономической и политической жизни в США» (СПб., 1882 г.), «Религия в Америке» (СПб., 1884 г.) и диссертацию «Римский католицизм в Америке: Исследование о современном состоянии и причинах быстрого роста римско-католической Церкви в США», которую он после приезда в Россию в 1881 г. представил в Совет Санкт-Петербургской духовной академии на соискание степени магистра. Профессор Иван Гаврилович Троицкий в качестве существенного недостатка отмечал в отзыве, что диссертация А.П. Лопухина не соответствует академическим требованиям, поскольку составлена «не по архивным или библиотечным материалам, а по явлениям живой действительности». Тем не менее, рецензент отмечал серьёзное научное значение диссертации, свидетельствующей об обстоятельном знакомстве автора со специальной литературой. А.П. Лопухин сделал самостоятельные выводы о «внутренних порядках и внешних отношениях католической церкви» в США, проведя «остроумные сближения между национальным характером американцев и характерами разных христианских церквей, в том числе и Православной». Диссертация была успешно защищена, и 4 октября 1881 г. А.П. Лопухин был утверждён митрополитом Исидором (Никольским) в степени магистра богословия. Диссертация и защита А.П. Лопухина вызвали немалый интерес среди студентов академии. Отслужив положенные три года в Америке, А.П. Лопухин окончательно вернулся в Россию и 29 октября 1882 г. был допущен Советом академии к должности секретаря Совета и Правления. 31 октября 1883 г. он был избран и 2 ноября утверждён в должности доцента на вакантную кафедру сравнительного богословия. По уставу духовных академий 1884 г. самостоятельная кафедра сравнительного богословия была упразднена, и А.П. Лопухин остался за штатом. 15 августа 1885 г., после выхода в отставку профессора Андрея Ивановича Предтеченского, А.П. Лопухин был избран на должность доцента кафедры древней общей гражданской истории. 19 января 1890 г. утверждён в звании экстраординарного профессора. Указом Синода от 24 сентября 1903 г. кафедры древней и новой общей гражданской истории были объединены в одну кафедру всеобщей гражданской истории, которую А.П. Лопухин занимал до своей кончины. Многократно публиковались его конспекты по истории и философии истории. В лекциях по древней гражданской истории А.П. Лопухин уделял большое внимание введению в историю как в науку, прослеживая постепенное развитие понятия «история» в творениях древних языческих и христианских писателей; критически излагал философско-исторические воззрения средневековых авторов и историков новейшего времени, завершая курс анализом всемирно-исторического развития с точки зрения действия Промысла Божия. Историю Древнего Востока он преподавал с учётом последних на тот момент исследований и открытий в области клинописных надписей, разработок историографических школ, опираясь на свидетельство библейского повествования о первобытном человечестве. Учитывая интерес студентов, А.П. Лопухин знакомил их с теориями о происхождении собственности, об образовании наследственного права, о появлении классов.