Обширное письменное наследие А.П. Лопухина исследователи делят на пять основных направлений: исследования и популярные издания по библеистике; работы по истории древней церкви; очерки по истории и современному состоянию иных христианских конфессий; многочисленные рецензии на сочинения западноевропейских богословов и переводы их трудов, способствовавшие популяризации этих произведений в русском интеллектуальном сообществе. Кроме того, А.П. Лопухин – автор ряда статей в энциклопедических изданиях, а также мемуарных и церковно-публицистических сочинений. Характерной чертой трудов А.П. Лопухина по библеистике исследователи считают стремление поставить русскую науку на современный уровень, критически осмыслить достижения западной богословской мысли. Наиболее значимой его работой в этой области исследователи называют «Библейскую историю при свете новейших исследований и открытий» (первое издание 1889–1890 гг. в двух томах; частичное переиздание в 1913–1915 гг. в качестве приложения к журналу «Странник» в пяти томах). А.П. Лопухин ставил перед собой задачу подтвердить «историческое значение изложенных в Библии фактов», т.е. доказать, что библейская история не является собранием неких благочестивых мифов, а имеет под собой реальную историческую основу. По его мнению, современная наука благодаря открытиям в области истории Древнего Востока предоставила библейской истории широкие возможности. Если западное богословие имело и общие курсы, систематизирующие открытия последних лет, и монографии по отдельным проблемам, то русская наука отстала от западноевропейской и некритически использовала представленный библейско-исторической наукой материал. Составленный А.П. Лопухиным труд должен был заполнить эту лакуну, при этом он, опираясь на новейшие исследования и научные открытия, ставил задачу опровергнуть выводы отрицательной библейской критики. В целом научное сообщество приняло труд А.П. Лопухина с одобрением, оценив по достоинству проделанную колоссальную работу, прежде всего, умелое соотнесение исторических данных с библейским текстом и православной традицией его толкования. В то же время среди критических отзывов анонимный представитель группы оппонентов видел существенные недостатки этой книги в том, что А.П. Лопухин придавал статус «несомненной истины» не только нравственному учению Библии, в котором и сказывается «богооткровенность священных книг», но и историческим фактам. Тот же автор обращал внимание на «предвзятость и пристрастность» А.П. Лопухина в его желании «всеми правдами и неправдами поддержать букву Библии», на ошибки в хронологических расчётах; в неприятии А.П. Лопухиным разделяемой западными учёными документальной теории источников о происхождении Пятикнижия; в «систематическом унижении других наций», особенно в стремлении умалить «возвышенность религии и морали египетской». Оппонент также отмечал, что «вряд ли Дух Святой, вдохновляя священных писателей, имел в виду раскрывать научные истины или писать всеобщую историю». Однако А.П. Лопухин, возражая оппоненту, настаивал на том, что «факты первобытной Библейской истории… находят себе поразительное подтверждение в новейших исследованиях». По его мнению, открытие клинописи ставит под сомнение все доводы сторонников теории источников, представляя совместное существование различных документов в древнейших памятниках.