С 1886 по 1901 гг. А.П. Лопухин был ведущим редактором отдела «Летопись церковной и общественной жизни за границей» в периодическом издании Санкт-Петербургской духовной академии «Церковный вестник», в 1892 г. был избран редактором старейшего академического издания «Христианское чтение», а в начале 1893 г. – редактором «Церковного вестника». По проекту А.П. Лопухина оба журнала, разделённые в 1875 г., 8 апреля 1893 г. были соединены. По его предложению журнал «Христианское чтение» вновь стал издаваться в виде 12 книжек в год, число подписчиков значительно увеличилось и к 1899 г. превысило 7200 человек. Члены корпорации высоко ценили редакторские способности А.П. Лопухина, называя его человеком «выдающихся публицистических способностей, изумительной энергии и инициативы». 23 марта 1898 г. А.П. Лопухин был избран и утверждён резолюцией митрополита Палладия (Раева-Писарева) от 5 мая 1898 г. редактором обоих журналов и исполнял эту должность вплоть до 31 декабря 1902 г. В качестве приложения к журналу «Христианское чтение» А.П. Лопухин организовал издание Полного собрания сочинений Иоанна Златоуста, которое способствовало популярности журнала. По указу Синода от 7 апреля 1899 г. 13 июля того же года А.П. Лопухин возглавил журнал «Странник» и получил, согласно его просьбе, право его редактировать, указом от 10 октября 1903 г. был утверждён его официальным редактором-издателем. Под редакцией А.П. Лопухина в журнале значительно увеличилось количество публикаций по Священному Писанию, общей церковной истории, сравнительному богословию, литургике и церковной археологии. При этом освещение теоретических вопросов было связано не только с межконфессиональным диалогом, но и с проблемами, волновавшими русское общество. А.П. Лопухин продолжил начатое в 1898 г. издание «Общедоступной богословской библиотеки» (три – четыре тома в год) и журнал «Странник», участвуя как автор в публикациях. В качестве приложения к журналу «Странник» под редакцией А.П. Лопухина в 1900 г. было начато издание «Православной богословской энциклопедии» (А.П. Лопухин отредактировал первые пять томов), в 1904 г. – «Толковой Библии». Кроме того, А.П. Лопухин вёл библейский и церковно-исторический разделы в «Энциклопедическом словаре» Брокгауза и Ефрона. А.П. Лопухин активно участвовал в межконфессиональном диалоге со старокатоликами, с англиканами и сиро-халдеями (персидскими христианами). Основываясь на знании зарубежной церковной, интеллектуальной и общественной жизни, был экспертом в возникавших вопросах взаимопонимания между представителями различных конфессий. По инициативе А.П. Лопухина выходила популярная серия книг «Христианство, наука и неверие на заре ХХ в.», первая из них была посвящена Адольфу фон Гарнаку (1902 г.). В 1896 г. А.П. Лопухин был избран почётным членом североамериканских обществ: «Православного общества взаимопомощи» и «Нью-Йоркского братства Пресвятой Богородицы».