Пятнадцатый аббат, Виганд фон Паннау (1335–1360 гг.), закончил надстройку башен. Во время служения двадцать второго аббата, Симона фон дер Лайена, по его настоянию был надстроен парадиз, а часть колонн расписана фресками с изображениями святых Бенедикта (основатель Ордена, юго-западная колонна западного хора), Николая (один из покровителей собора, северная сторона той же колонны; на фреске изображён среди прочих аббат Симон) и Христофора (южная сторона северо-западной колонны). До XIX в. включительно двойные двери парадиза были заперты. В последующие годы монастырские здания частично перестраивались. В XVI в. в соборе насчитывалось 16 алтарей, посвящённых различным святым: один в западном хоре, восемь в нефе, два в восточном хоре, по одному в боковых апсидах трансепта, один в sacellum (святилище) в северной части трансепта и два в крипте. Находящийся в нефе рядом с могилой основателя монастыря «алтарь десяти тысяч мучеников» часто служил монахам, принявшим сан священника, для проведения первой мессы. В XVII в. эти алтари были убраны и частично заменены другими алтарями и сооружениями. Расположение и предназначение алтарей описал аббат Иоганн V Августин Маххаузен в своём сочинении «Rituale Hyparchiae». В 1662–1668 гг. при аббате Плацидусе Кессенихе (1662–1696 гг.) проходило оформление внутреннего убранства церкви в стиле барокко. По его распоряжению был опущен уровень западного хора и поднят пол нефа, чтобы переместить в западный хор гробницу Генриха II, как в более подобающее место. В дальнейшем по его приказу были расширены окна бокового нефа в барочном стиле; в XX в. им было возвращено первоначальное состояние. Его преемники Йозеф Денс (1696–1711 гг.) и Клеменс Аах (1718–1731 гг.) заменили старые хоры времён фон дер Лайена новыми и установили в соборе резную кафедру. При аббате Йозефе II Мойрере в 1775 г. архитектор Иоганн Зайц, ученик Бальтазара Неймана, пристроил к монастырскому зданию «крыло Йозефа». Вместе с мансардой, построенной П.Л. Ринклаке, оно существует и по сей день. Из монастырских построек эпохи Средневековья и Ренессанса сохранилась лишь башня часовни святого Николая, построенная при аббате Грегоре; сама же часовня была снесена в 1757 г. по повелению аббата Генриха III Артца, а на её месте воздвигнута новая. В XIX в. были проведены две масштабные кампании по реставрации (в 1830–1840 и в 1880 гг.), призванные устранить серьёзные повреждения (в частности, свода и крыши). Причинами повреждений были в том числе новый сток, построенный семейством Делиус в 1842–1844 гг. пятью метрами ниже старинной штольни Фульберта и заметно понизивший уровень воды в Лаахском озере, а также пожар 1885 г., в ходе которого выгорели фасад монастыря и келья настоятеля. Около 1830 г. вернули первоначальный облик парадизу за счёт сноса верхнего этажа; его следы ещё долго можно было видеть на фасаде собора.