Выступая с традиционалистских позиций, Джеймс Кларк отвергал учение о «внутреннем единстве» церкви, сторонники которого полагали, что приверженцы различных христианских конфессий, несмотря на все внешние отличия, могут обладать «духовным единством» во Христе. По мнению Джеймса Кларка, «единство Церкви должно быть не какой-то тонкой вещью, которую различают (или думают, что различают) лишь метафизики и искусные теологи, но должно быть внешним и явным для всего мира». Джеймс Кларк полагал, что в Церкви Англии, с одной стороны, сохранено иерархическое, догматическое и обрядовое преемство по отношению к неразделённой христианской церкви, а с другой стороны, вероучение очищено от заблуждений и суеверий, возникших в Западной церкви после разделения с Восточной церковью, прежде всего, от ложного учения о примате Римского папы, вследствие чего Церковь Англии может считаться законной правопреемницей неразделённой древней христианской церкви в области своей территориальной юрисдикции. При обсуждении духовно-нравственной проблематики Джеймс Кларк ориентировался на представление о существовании «евангельской этики», противопоставляемой им философскому учению об автономности морального закона. По его мнению, «всякая истинная этика по необходимости является теистической», поскольку обязательность этических законов гарантируется лишь признанием абсолютного высшего Законодателя – Бога. Джеймс Кларк принимал учение о христианской этике, сформулированное германским протестантским теологом Карлом Фридрихом Адольфом Вуттке (1819–1870 гг.), согласно которому христианская этика невозможна без учения о грехе и спасении и состоит из трёх структурных элементов: «морали самой по себе, вне её отношения к греху», т.е. морали как знания о вечной и неизменной воле Божьей относительно человека; «морали как следствия греха», т.е. моральных норм, формируемых самим человеком в его падшем состоянии; «морали в её обновлении через Искупление», т.е. морали, выводимой из специфически христианского учения о взаимодействии человеческой воли и искупительной благодати в деле спасения. Читая и изучая Священное Писание, человек, согласно Джеймсу Кларку, прежде всего, познаёт собственную греховность; без такого знания путь к спасению остаётся закрытым, т.к. не сознающий себя грешником человек не ищет спасения. Однако также из Священного Писания человек узнаёт об искупительной благодати, которая подаётся Богом всякому, кто просит её со смирением и надеждой. Джеймс Кларк был убеждён, что всякая христианская этика есть, прежде всего, экзегетика, т.е. искусство применять вечные божественные законы, отражённые в Священном Писании, к событиям и ситуациям конкретной человеческой жизни. Таким образом, в Священном Писании человеку дано надёжное руководство для надлежащего личного и общественного поведения. При этом по убеждению Джеймса Кларка, при всей высоте этических и религиозно-практических норм они не должны абсолютизироваться и становиться самоцелью; задача христианина состоит в том, чтобы научаться верить не в те средства, с помощью которых он может приблизиться к Богу, но в Самого Бога, промыслительное действие Которого охватывает все вещи. Признав свою зависимость от Бога и добровольно встав на путь послушания Его воле, христианин приобретает высшую добродетель – способность во всём возлагать свою надежду только на Бога.