В религиозных сочинениях Джеймс Кларк выступал преимущественно как христианский апологет и церковный проповедник. Центром его интересов были широко обсуждавшиеся в конце XIX в. темы соотношения естественнонаучного знания и христианского вероучения, взаимосвязи светской и религиозной морали, положения христианской церкви в секулярном государстве и её роли в либеральном обществе. Негативное отношение к позитивистской науке и секулярной этике, которые претендовали на опровержение фундаментальных христианских истин и на «освобождение» человеческого разума от религии, Джеймс Кларк выразил уже в первом небольшом сочинении «Сомнительная этика скептической философии» («The Spurious Ethics of Sceptical Philosophy». 1860 г.), где он полемизировал с идеями известного представителя британского атеизма и секуляризма Джорджа Якоба Холиока (1817–1906 гг.). Джеймс Кларк отвергал представление о том, что секулярной рациональной этики достаточно для гармоничного развития общества, и указывал, что безграничное доверие человека к собственному разуму может иметь для него крайне плачевные последствия. Рассуждая о позитивистском мировоззрении в проповеди «Суетность позитивной философии» («The Vanity of the Positive Philosophy». 1869 г.), Джеймс Кларк отмечал, что, хотя науке Нового времени действительно удалось открыть многие естественные законы природы и упорядочить их в системе научного мировоззрения, простого обращения к природе недостаточно там, где речь идёт о деятельности человека в этико-социальной сфере: «Позитивисты говорят, что мы должны обратиться к материальным средствам, развивать общественную экономику, реформировать социальные отношения и во всём стремиться к наиболее точной реализации на практике научных основоположений... Однако вся надежда на то, что наука и научные средства способны преодолеть все несчастья и бедствия человеческой жизни, является достойной сожаления и глубоко ошибочной». По мнению Джеймса Кларка, «между истинной наукой и истинной религией нет никакой несовместимости», однако уверенность позитивистов в том, что общественного благополучия можно достичь научными средствами, является пустой и тщетной, поскольку научные средства, как «вторичные причины», действенны лишь настолько, насколько их делает таковыми «действие вездесущего Бога», без поддержки Которого всякий внешний успех является мнимым и не приносит ни личного, ни общественного счастья. Джеймс Кларк обращал внимание на то, что принципиальный недостаток позитивизма состоит вовсе не в том, что он является научным мировоззрением, а в том, что в своей абсолютизации познания материального мира он приходит к полному отрицанию духовной реальности; в том, что позитивистское учение стремится заместить собой «всю истинную религию, всю веру, всю убеждённость в существовании Бога как сверхъестественной Силы, всё почитание Бога, всю молитву, всю хвалу, всю надежду на будущую жизнь и всё знание о будущем суде».