Однако, по убеждению Джеймса Кларка, если власть стремится к тому, чтобы справедливо и достойно исполнять свою общественную функцию, она должна «на основании своих этических обязанностей прийти к признанию своих теистических обязанностей», т.е. осознать, что из её обязанностей по отношению к людям напрямую следуют её обязанности по отношению к Богу, и, прежде всего – обязанность поддерживать и охранять истинную религию. Поскольку вне религии, согласно Джеймсу Кларку, не может быть истинной и общезначимой морали, обязанность государства по охране моральных норм и наказанию за их нарушение не может исполняться должным образом, если государство отвергает религию и её установления. Отстаивая с помощью аргументов из Священного Писания, из истории христианства, а также посредством статистического анализа состояния современной ему церковной жизни в Церкви Англии и в отделённых от неё протестантских общинах положение о том, что государственное признание и поддержка благотворно влияют на церковную жизнь и религиозную деятельность, Джеймс Кларк вместе с тем находил отчасти справедливыми указания его оппонентов на те опасности, с которыми может быть связано существование государственной религии. Важнейшей из этих опасностей он считал религиозную нетерпимость, в церковной истории нередко приводившую к преследованию и даже физическому уничтожению инакомыслящих. По мысли Джеймса Кларка, выработанное в Церкви Англии опытным путём представление о характере и границах религиозной терпимости исключает любые гонения на инакомыслящих со стороны государства, которое лишь контролирует и упорядочивает деятельность, связанную с богопочитанием: «Религиозное преследование нацелено на разрушение жизни, отнятие свободы и имущества того, кто объявляется преступником; напротив, умеренная терпимость стремится не накладывать на людей никаких ограничений, кроме тех, которые проистекают из необходимости заботы об общественном благе». Исследователи отмечают, что хотя Джеймс Кларк приводил различные теоретические доводы в пользу идеи единства христианской церкви и государства, основное внимание он всё же уделял рассмотрению практических аспектов взаимодействия Церкви Англии и правительства Великобритании, стремясь путём апелляции к британским традициям и законам показать, сколь пагубные последствия для всего британского общества имело бы отделение церкви от государства. Теоретическое учение о христианской церкви в аспекте её единства Джеймс Кларк обсуждал в проповеди «Побуждение к церковному единству» («The Promotion of Ecclesiastical Unity». 1873 г.). Отвергая либеральное представление о том, что в вопросах веры каждый человек призван руководствоваться лишь Священным Писанием и собственным разумом, Джеймс Кларк заявлял, что единой и истинной может считаться лишь та церковь, которая восходит в преемстве учения к Иисусу Христу и апостолам. Вследствие этого церковная вера имеет своим источником не только Священное Писание, но и Священное Предание, т.е., по словам Джеймса Кларка, «авторитетное учение Церкви, выраженное до разделения Церкви на Восточную и Западную».