Христианин, по убеждению Джеймса Кларка, призван не уступать в своей образованности, в своём уважении к науке, в своей рациональности позитивистам, однако он призван вместе с тем «ставить всё это на службу наиболее высоким интеллектуальным, моральным и духовным целям», открытым в религии. Будучи твёрдо уверенным в непреложной буквальной истинности библейского откровения, Джеймс Кларк в вопросе о происхождении мира и человека занимал позицию креационизма и полемизировал со сторонниками атеистического дарвинизма и теории эволюции. В обширной статье «Древность человека» («The Antiquity of the Man». 1885/1886 – 1887/1888 гг.) Джеймс Кларк, опираясь преимущественно на немецкую и американскую литературу научно-популярного и апологетического характера, анализировал геологическую периодизацию истории Земли и данные палеонтологии. По его мнению, представление о длящихся многие тысячи и миллионы лет геологических эпохах, а также связанное с ним учение о том, что человек возник 100 или 200 тыс. лет назад, является несостоятельным. Джеймс Кларк был убеждён, что геологические данные могут быть непротиворечиво совмещены с библейской хронологией, тогда как между данными геологии и эволюционной антропологии есть серьёзные противоречия. Для обоснования своих выводов Джеймс Кларк использовал в том числе и традиционный для креационизма аргумент об отсутствии однозначно интерпретируемых ископаемых переходных форм между обезьянами и человеком. Различным аспектам учения о христианской церкви посвящены две наиболее крупные работы Джеймса Кларка: «Государственная церковь и её отношения с инакомыслием» («The Church as Established in its Relations with Dissent». 1866 г.) и «Об апостольском преемстве, служении и юрисдикции англиканской и католической иерархии» («De successione apostolica necnon missione et jurisdictione hierarchiae anglicanae et catholicae». 1890 г.), а также несколько статей. Наибольший интерес для исследователей представляет первое сочинение, в котором Джеймс Кларк связывает убеждения английских сторонников отделения церкви от государства XIX в., выступавших с позитивистских и либерально-атеистических позиций, с воззрениями протестантских нонконформистов и других религиозных противников государственного статуса Церкви Англии, а также предлагает рассмотрение некоторых теорий церковно-государственных отношений в исторической, теоретической и практической перспективах. Джеймс Кларк отвергал теории естественного происхождения государственной власти и присоединялся к мнению, что с точки зрения христианства всякая власть происходит от Бога и исполняет возложенное на неё Богом служение, причём даже в том случае, если сами представители власти не признают этого.