М.Ф. Казаков создал новый тип классицистического церковного интерьера, творчески используя увражи Ж.-Ф. Неффоржа. Исследователи полагают, что предшественниками М.Ф. Казакова в России были Жан-Батист-Мишель Валлен-Деламот, который спроектировал церковь Академии Художеств в Санкт-Петербурге (1764–1788 гг.), а также Иван Егорович Старов, создавший в 1774 г. проект и модель Троицкого собора Александро-Невской лавры, где предполагалось устройство алтаря с полукруглой колоннадой, наподобие католических деамбулаториев, и низким иконостасом. Аналогичный иконостас сделал И.Е. Старов в Никольской церкви (1774–1776 гг.) в селе Никольском (Гагарине; ныне Рузского района Московской области). План этой церкви хранится в «альбоме церквей», в котором М.Ф. Казаков собрал не только свои проекты, но и проекты друзей и коллег. Тем не менее, новаторское для своего времени решение, использованное в строительстве императорской церкви, послужило образцом для множества подражаний. В том же 1774 г. М.Ф. Казаков начал работу над церковью Спаса Нерукотворного в усадьбе Рай-Семёновское (ныне деревня Райсемёновское Серпуховского района Московской области). Первый тёплый этаж церкви был выстроен в 1763 г., но затем строительство прекратилось. В 1774 г. владельцы усадьбы Нащокины пригласили М.Ф. Казакова, и он по собственному проекту надстроил второй этаж церкви, возвёл колокольню и отделал интерьер. Работы продолжались до 1783 г. Постройка, которую исследователи относят к традиционному для первой половины XVIII в. типу трёхчастных церквей «кораблём», была выдержана М.Ф. Казаковым в стилистике раннего классицизма под влиянием увражей Ж.-Ф. Неффоржа. Основной храм с прямоугольной апсидой и симметричным ей западным притвором завершён мощным куполом на барабане. С запада узкий переход соединяет объём храма с трёхъярусной колокольней с цилиндрическим верхним ярусом, увенчанным высоким квадратным в сечении шпилем наподобие обелиска. Декор фасадов помимо коринфских колонных портиков на северном и южном фасадах храма и спаренных колонн на углах колокольни включал тонкую лепнину с мотивами гирлянд, филёнок и накладных досок. Исследователи отмечают, что обработка барабана сдвоенными колонными эдикулами близка к декору Владимирской церкви в Виноградове и также повторяет проект церкви Ж.-Ф. Неффоржа. Интерьер храма не сохранился, но на гравюре 1778 г. М.Ф. Казаков воспроизвёл этот интерьер, почти в точности повторявший церковь Пречистенского дворца. Позднее М.Ф. Казаков создал ещё одну реплику в церкви во имя святителя Петра, Московского митрополита, в усадьбе Петровское (Княжищево; ныне Наро-Фоминского района Московской области; 1778–1784 гг.; заалтарная полуциркульная колоннада, мощная триумфальная арка и низкий иконостас). Позднее появились подражания в дворцовых храмах Павловска и Михайловского замка в Санкт-Петербурге (1797–1799 гг., архитектор Винченцо Бренна). В последней четверти XVIII в. в столицах и в провинции подобная композиция алтаря и иконостаса получила повсеместное распространение, особенно в приходских храмах, где небольшое пространство часто не позволяло сооружать крупные иконостасы, например, в церкви Сошествия Святого Духа на апостолов на Лазаревском кладбище (1784–1787 гг., архитекторы Елизвой Семёнович Назаров, Никола Легран?) или во Владимирской церкви в Быкове (1783 г. – конец 1780 гг.) и др.