Проект был закрыт. Тем не менее, было составлено десять толстых альбомов казённых строений, шесть – частных, а также так называемый смешанный альбом. В мае 1805 г. за составление атласа М.Ф. Казаков был награждён орденом святой Анны второй степени. В 1801 г. М.Ф. Казаков подал прошение об отставке «по старости и болезни». В октябре вышел в отставку с чином действительного статского советника; пансион, который должны были выплачивать М.Ф. Казакову до смерти его и его жены, равнялся жалованью М.Ф. Казакова. Но и после отставки М.Ф. Казаков активно работал. В 1802–1807 гг. по его проекту и под его наблюдением строилась Павловская больница на ул. Павловской за Серпуховскими воротами. Исследователи отмечают, что эта последняя постройка архитектора в целом довольно сдержанна, заметна творческая усталость мастера. Компактный продольный двухэтажный корпус по оси главного фасада украшен четырёхколонным ионическим портиком. Фланговые ризалиты выделены трёхчастными итальянскими окнами, расчленёнными коринфскими колоннами малого ордера и завершёнными крупными полуциркульными окнами. Внутри центром композиции является круглый зал церкви, украшенный лепниной. Удобная коридорная планировка совмещается с анфиладой из больших палат. В торцах коридоров помещены полукруглые ретирады. В целом здание выглядит скромной реминисценцией Голицынской больницы. В прошении об отставке М.Ф. Казаков писал, что остаток дней желает посвятить «обучению архитекторской школы». Ещё в 1786 г., став главным архитектором Экспедиции Кремлёвского строения после В.И. Баженова, он создал кремлёвскую чертёжную, в которой были собраны все чертежи построенных им зданий. Он отдаёт распоряжение пополнять коллекцию «…чертежами и рисунками не только лучших зданий и видов России, но и прочих именитых зданий и видов всех четырёх частей света». Из команды В.И. Баженова, а также из своих помощников М.Ф. Казаков создал первую в России специализированную архитектурную школу. Занятия проходили в собственном доме архитектора на углу Большого и Малого Златоустинских переулков (в 2012 г. дом был почти разрушен). В 1792 г. М.Ф. Казаков подал записку с предложением организовать профессиональное училище «каменных, плотничьих и столярных мастеров», однако ответа не получил. В 1805 г. для школы выделили помещения в здании Сената. В XIX в. школа, перейдя в дворцовое ведомство, стала основой Московского дворцового архитектурного училища, влившегося в созданное в конце века Московское училище живописи, ваяния и зодчества. На его базе, в свою очередь, появился сначала Высшие художественно-технические мастерские (ВХУТЕМАС), а затем Московский архитектурный институт (МАрхИ). В 1806 г. престарелый архитектор перенёс инсульт и на шесть лет оказался прикованным к постели. В 1812 г. семья увезла его в Рязань, где он умер, получив известие о пожаре Москвы. Похоронен М.Ф. Казаков в Рязани, на кладбище при Троицком монастыре, близ Московской дороги.