В 1678 г. за Курским монастырём числилось 169 крестьянских дворов. 27 ноября 1681 г. по соборному постановлению об учреждении новых епархий Курский монастырь был приписан к Курскому архиерейскому дому («Собрание государственных грамот и договоров», том 4). В 1705 г. Курский монастырь владел приписными сёлами Смородинное, Поныры, Долгое, деревнями Служня, Тазова, Жерновец, Ясенок, Старая Слободка, Виногробль, хутором Гремячим, в которых проживали 4836 крестьян. В 1722 г. монастырь приобрёл дачу (впоследствии Знаменская дача) в четырёх верстах от города Курска на верховьях ручья Кура. Согласно указу императрицы Екатерины I от 28 июля 1725 г., Коренной монастырь к «Знаменскому монастырю не приписан, а исчисляется за един монастырь под ведением Знаменского монастыря архимандрии», поскольку Коренной монастырь «построен прежде Знаменского», на месте обретения чудотворного образа (Государственный архив Курской области. По описи 1733 г. за Курским монастырём числилась и Липиновская Троицкая пустынь с четырьмя пасеками в 173 улья и с семью мельницами. В Курском монастыре развивались промыслы, были иконописная, столярная, кузнечная и другие мастерские, изготовлялись экипажи для архиереев, к середине XVIII в. налаживалось производство высококачественной кожи (юфти). В 1764 г. Курский монастырь стал второклассным с положенным количеством братии (архимандрит, казначей, шесть иеромонахов, два пономаря, просвирник, ключник, чашник, писец и 16 служителей). На жалованье этим лицам, на ремонт монастыря, на платёж подушных денег за служителей, на конюшенные припасы и прочие потребности было определено 1341 руб. 90 коп. ассигнациями с предоставлением обители права дополнительно употреблять на своё содержание доходы, выручаемые от продажи свечей. В 1797 г. этот оклад был увеличен на 1030 руб. ассигнациями. С 1764 г. Коренная пустынь получила статус самостоятельной обители. После утверждения в 1782 г. регулярного плана застройки города Курска был снесён Курский крепостной вал. Архитектурный облик Курского монастыря в XVII–XVIII вв. известен исследователям по плану и описанию 1785 г. (Российский государственный исторический архив). Косоугольная территория неправильной формы была обнесена каменной стеной с шестигранными башнями. В центре, ближе к восточной стене, находился Знаменский собор. Это был двухэтажный храм «кораблем» с трёхчастным алтарём, компактным четвериком и небольшой трапезной. Собор соединялся переходом на аркадах с настоятельскими покоями и церковью Богоявления, расположенными к югу. К северу от собора был продолговатый корпус братских келий с покоями строителя, соединённый со св. воротами и с церковью апостолов Петра и Павла. На плане 1785 г. показан проект перестройки обители. Территорию должны были расширить к юго-западу, придав ей очертания, близкие к квадрату. Предполагалось частично заменить старые стены, а на углах новых выстроить круглые башни. План был реализован не полностью: в Курском монастыре перестроили ограду и две угловые башни, упразднили ветхие здания, в том числе Богоявленскую и Петропавловскую церкви.