В 1631 г., при строителе Варлааме, Курский монастырь сгорел в пожаре, возникшем от удара молнии, был отстроен, а в январе 1634 г. вместе с городом разграблен польскими войсками под командованием князя Иеремии Михаила Корибута-Вишневецкого, приписные слободки Троицкого и Божедомского монастырей сожжены. В 1643 г. монастырь был разорён крымскими татарами, в «вотчинах его крестьянские жилища разорили без остатка, на гумнах в скирдах и на полях хлеб и сено пожгли и потравили». К 1645 г. в возрождённой обители были шатровая Богородице-Рождественская церковь с приделами, колокольня, настоятельская и 12 братских келий, трапезная, хлебная изба, поваренная, больница. По писцовой книге 1645 г. Курский монастырь владел тремя деревнями и двумя слободами в Курском уезде (2405 четвертей земли в поле). 3 июня 1649 г. в ответ на челобитную горожан Г.И. Малышева и С. Калугина по указу царя Алексея Михайловича (Государственный архив Курской области) в Курском монастыре был заложен и в начале 1680 г. на средства, выделенные из царской казны, построен кирпичный собор в честь иконы Божьей Матери «Знамение»; монастырь стал называться Знаменским. Во время строительства куряне ломали кирпич и дикий камень из стен старинной постройки, на которую указал игумен Никодим, обнаруживший в 15 верстах от Курска, «на старом городище, близ реки Рати, в земляном валу от древности вшедшие в землю, неведомо чьи палаты». Храм (58 м в длину, 11,5 – в ширину) возводили под руководством воеводы Лодыженского строитель Московского приказа каменных дел Семён Белый, каменных дел мастер Оська Микитин, артель из Углича и приказчик Сергей Калугин. Точную дату освящения храма исследователи не установили, известно лишь, что при поставлении в настоятели архимандрита Александра в 1683 г. строительные работы были уже закончены. Одновременно на пожертвования курского воеводы князя Григория Григорьевича Ромодановского были построены домовая церковь в честь Богоявления при настоятельских покоях (освящена в 1688 г. митрополитом Белгородским и Обоянским Авраамием, ум. в 1702 г.), церковь во имя апостолов Петра и Павла на св. воротах, братские кельи, каменная ограда с башнями, хозяйственные службы. Государи Иван и Пётр Алексеевичи «по чувству благоговейного уважения» подарили обители медный колокол весом 50 пудов 4 фунта. Согласно монастырской описи 1733 г., на одной из башен ограды были «железные часы с девятью колоколами, один из которых часовой, 1693 года (23 пуда 36 фунтов), при колоколах молотки железные». В той же описи отмечены хранившиеся в монастыре книги: «Библия в лицах польской печати, «Труба» киевской печати, книга Петра Могилы киевской печати». При настоятеле (1752–1770 гг.) архимандрите Гедеоне (Антопском (Антонском)) во всех храмах были «обновлены» иконостасы, а Знаменская церковь стала пятиглавой. К 1785 г. в Курском монастыре находились три каменные церкви, настоятельские покои, братские кельи, ограда с башнями, «из коих на одной имеются часы», ледник с палаткой, конюшня, сараи, житница, пивоварня, пекарня, кузница. По грамоте царя Алексея Михайловича в дар Курскому монастырю было отведено урочище Дикое поле с крестьянами, которые обязывались «пашню на монастырь пахать и доход всякий платить».