В интерьере верхнего, Успенского храма сохранилась настенная живопись 1828 г. В своде – «Новозаветная Троица» в окружении ангелов. Стены украшены сценами из Евангелия. На южной стене в простенках между окнами – «Отрок Иисус Христос во храме», «Беседа Иисуса Христа с Никодимом», «Пустите детей приходить ко Мне»; на западной – «Исцеление расслабленного», «Снятие с Креста», «Воскрешение дочери Иаира»; на северной – «Христос и грешница», «Беседа Иисуса Христа с самарянкой», «Беседа Христа с Марфой и Марией». На западной стене в нижнем регистре есть также два больших изображения, выполненные предположительно в конце XIX – начале XX вв.: «Суд Пилата» и «Иисус Христос на Голгофе». В нижнем, Петропавловском храме частично сохранилась настенная живопись конца XIX в., реставрированная в 1993–1995 гг. Над иконостасом изображены св. апостолы, а с противоположной стороны – пророки. В своде трапезной восстановлена сцена «Вознесение Господне», а на стенах – композиции: «Рождество Христово», «Благовещение», «Богоявление», «Встреча Марии и Елисаветы». В притворе храма заново написаны композиции «Обращение Савла», «Христос спасает утопающего Петра», изображения св. князей Александра Невского и Даниила Московского, преподобного Сергия Радонежского, святителя Петра (Полянского), митрополита Крутицкого, и патриарха Тихона. III. Святые ворота с Теремком и стена-переход возведены в 1693–1694 гг. на месте ограды 1660 гг. с частичным её использованием. Строили их каменных дел подмастерье Ларион Ковалёв, а также знаменитый подрядчик и зодчий Осип Дмитриевич Старцев с сыном, Иваном Осиповичем. В нижней части стена ограды прорезана крупными арками, в верхней расположен переход от Крестовой палаты к Успенскому собору с двускатной кровлей, парапетами с поясом ширинок и двойной аркадой на круглых столбах с перетяжками. Над столбами помещены ширинки с изразцами. Часть галереи, идущей от св. ворот к Успенскому собору, получила название Успенских переходов, а идущая вдоль Митрополичьих покоев к Крестовой палате после устройства в ней церковь Воскресения стала именоваться Воскресенскими переходами. Св. ворота, являющиеся частью перехода, образованы двумя арками (восточная – для прохода, западная – для проезда), по их сторонам и между ними помещены колонны большого ордера с крупными филенчатыми базами и коринфскими капителями. Над воротами расположен Теремок – уникальное сооружение древнерусского зодчества. Прямоугольный объём расчленён резными белокаменными колоннами на две части (восточная, над проходной аркой, немного меньше). В каждой помещено по два окна, фланкированные колонками и украшенные вверху разорванными наличниками, форма которых характерна для нарышкинского стиля. Над арками помещены замковые камни с тонкой растительной резьбой. По мнению исследователей, декор Теремка представляет собой уникальную по размерам, не имеющую аналогов в русской архитектуре облицовку сооружения изразцами целиком. Декор был создан одновременно со строительством: румпы изразцов уходят в глубь стенной кладки. Парадный, северный фасад сооружения сплошь покрыт полихромными изразцами: облицовка насчитывает более 2 тыс. изразцов различной формы. В убранстве Теремка использованы рельефные многоцветные ценинные изразцы, изготовленные белорусскими мастерами-изразечниками, работавшими в 1650 гг. по приказу патриарха Никона в Иверском Святоозерском и Новоиерусалимском монастырях.