Моделировку аканфа исследователи относят к так называемому мягкому аканфу, или мелкозубчатому (по принятой для византийского искусства типологии Р. Кауча), но выделяется его специфический египетский характер с более жёсткими проработками деталей в стиле ранневизантийского маньеризма. Внутренние завитки либо редуцированы, либо полностью сняты, что указывает исследователям на христианскую стилистику даже при отсутствии в декоре каких-либо специфических религиозных символов (для ранневизантийского декора V–VI вв. исследователи считают характерными сокращение элементов классического ордера, асимметричность). Капители в декоре триконха различаются размерами: нижний ряд колонн украшен крупными элементами, верхние – более мелкими. Ни одна капитель не повторяет другую. В целом они выглядят более архаичными с тяготением к римским канонам, а дверные проёмы оформлены более свободно организованными деталями. Фусты колонн в базилике и триконхе собраны из римских сполий, вырезанных из серого и частично красного гранита. Оба вида гранита, скорее всего, как полагают исследователи, из Асуана, хотя в большинстве случаев асуанский красный гранит сочетался с серым гранитом из троадских каменоломен (Малая Азия). Несколько колонн в триконхе сделаны из мрамора, но все они покрыты слоями росписей, за исключением нижних фустов, которые постепенно потеряли окраску. Одна из колонн в наосе сделана из зелёного камня. Колонны имеют стандартные для римского времени размеры, их верхние и нижние части оформлены традиционными профилировками, впрочем, исследователям не всегда удаётся их заметить, т.к. часть колонн в разное время была распилена и подогнана по размеру для необходимых частей храма и его конструкций. Нужная высота в наосе выдерживается также за счёт варьирования высоты пьедесталов, которые вырезаны из гранита или выложены кирпичной кладкой. Наиболее сохранные фусты использованы в алтарной части, их длину при необходимости уменьшали или увеличивали. Помимо римских фустов колонн в храме также исследователи обнаружили древнеегипетскую сполию с частично сохранившимся характерным декором (базальтовая так называемая молельня с канопами, содержавшими внутренности погребённого). Она использовалась, по мнению исследователей, в литургических целях, если не была помещена на территорию монастыря в более поздний период. Исследователи считают, что росписи алтарной части храма Красного монастыря важны для истории византийского и коптского искусства. В начале XXI в. была проведена полномасштабная и тщательная реставрация фресок под руководством Э. Болман (Темплский университет). Реставраторы выделили четыре разновременных слоя росписей, но не во всех частях храма эта характеристика однородна. Наибольшее количество записей и поновлений было обнаружено в апсидах триконха, в пастофориях своды были расписаны лишь дважды. Датировка первоначальных росписей колеблется от V до VIII в.; нет единого мнения и относительно более поздних слоёв. Последний и лучше всего сохранившийся слой росписей исследователи относят к XI–XII вв. В Красном монастыре живописными средствами имитируется тот декор, который в Белом монастыре был выполнен в технике резьбы по камню, что указывает на недостаток средств при возведении более скромной постройки Красного монастыря. Вместе с тем подобный тип декора исследователи относят к позднеантичной эстетике. Э. Болман находит ему параллели в коптском искусстве VI–VIII вв. и предполагает происхождение подобных иллюзорных приёмов в местных традиционных изображениях эллинистического и римского периодов.