Рихард Краутхаймер также разделял египетскую архитектуру раннехристианского периода на две основные школы: одна охватывала Верхний и Средний Египет, другая – Нижний. Красный монастырь он отнёс к типичной верхнеегипетской архитектуре с преобладанием базилик с галереями и алтарём в виде трёх апсид или триконха, с обильным скульптурным декором в виде композиций из колонок и ниш. Это направление возникло в Египте во второй трети V в. как египетский вариант развития традиции эгейского церковного зодчества. Триконх базилики Красного монастыря исследователи считают архитектурной формой, широко известной в римское время. В ранневизантийский период она активно применялась во многих региональных школах (Египет, Палестина, Аравия, Греция). Исследователи отмечают, что в храме Красного монастыря триконх имеет не очень развитый вид: апсиды простой полукруглой формы, с небольшим увеличением длины краев за счёт параллельных отрезков стен. В центре пространство имеет квадратные очертания, а не прямоугольные, как в Белом монастыре. Общая ширина триконха соответствует ширине центрального нефа, лишь немного превосходя его. По сторонам от триконха расположены симметричные пастофории, каждый из них имеет сложную Г-образную форму и огибает одну из боковых апсид. Их перекрытия образуются коробовыми сводами над длинными частями и малыми куполами – над короткими. Боковые нефы через дверные проёмы, которые начинали и заканчивали эту сложную конструкцию коридоров-пастофориев, были связаны с изолированным алтарным пространством. Все они открывались в пространство храма через изящно оформленные порталы, особенно у боковых выходов в нефы. По мнению П. Гроссмана, триконх в Красном монастыре был сооружён до строительства остальной части храма. Однако Х.Г. Зеверин не нашёл для этой теории достаточного количества фактических подтверждений. Он считает, что разница между качеством кладки и декора в триконхе и самой базилике обусловлена тем, что для строительства наиболее значимой части храма были наняты специалисты, в то время как над остальной постройкой могли работать монахи. По различным теориям, современный каменный сферический купол на парусах над центральной частью триконха был возведён на месте деревянного свода между IX и XII вв. Купол опирается на квадратное основание стен, которые прорезаны прямоугольными окнами с боковыми полуколонками по сторонам. Центральный пролёт триконха фланкируют две высокие колонны. Все три апсиды оформлены изящной и подчёркнуто выделенной композицией из двух ярусов полуколонок. Они опираются на акцентированные скромными профилями пьедесталы и поддерживают антаблементы (чистый фриз без украшений и простой карниз). Помещённые между ними ниши оформляются традиционными для римской и раннехристианской архитектуры Египта разорванными фронтонами и полуфронтонами (последний термин подразумевает фронтон без горизонтального карниза, опирающийся на колонки). Среди них исследователи выделяют два основных типа: с дополнительными изломами скатов и ломанный с треугольным завершением. Их сочетание с колонками разного размера создаёт двухъярусный декор всех трёх апсид триконха. В нижней части более крупные и широкие ниши оформлены полуфронтонами и заключены между полуколонками большого ордера; в верхней части более скромные по размерам ниши оформлены фронтонами и заключены между пилястрами малого ордера. В случае, когда верх увенчивается фронтоном, ниша внутри более низкая и фланкируется дополнительными пилястрами.