Также в храме Красного монастыря редуцированы многие из архитектурных элементов, в нём больше симметрии, отсутствуют второстепенные детали (нартекс, развитая и многочастная форма пастофориев). Однако, по замечанию Э. Болман, храм Красного монастыря благодаря своей сохранности в настоящего время стал более важным для истории искусства памятником, чем храм Белого монастыря, т.к. сохранившиеся в нём росписи занимают больше 80% поверхности стен триконха. Уникальной исследователи считают и сохранность скульптурного декора, в особенности триконха, отчасти дверных и оконных проёмов основного наоса. Внешние стены храма толще у основания, чем наверху, украшены профилем в виде каветто («каблучок»), который напоминает исследователям об архитектурном облике стен древнеегипетских храмов, выстроенных с похожими конструктивными и декоративными особенностями. Храм Красного монастыря с момента его основания почти непрерывно был действующим, и это способствовало его уникальной сохранности и образованию наслоений из построек разных эпох. В настоящее время для богослужений используется лишь восточная часть храма (триконх и хурус), в XX в. отгороженная стеной. Всё остальное пространство некогда большой базилики превращено в открытый атриум (перекрытия базилики утрачены). По плану храм является просторной прямоугольной базиликой с алтарной частью в виде триконха с пастофориями. Пропорции, в соответствии с которыми боковые нефы примерно вдвое уже центрального, традиционны для сооружений подобного рода и встречались повсюду в позднеантичное время в Средиземноморье и на Ближнем Востоке. О типологии храма есть два основных мнения. П. Гроссман отмечает, что в наосе расположены колоннады П-образной формы, которые делят наос на три продольных нефа и один поперечный в западной части (так называемый возвратный неф). Также в восточной части перед триконхом расположена ещё одна колоннада, образующая амбулаторный обход вокруг центрального пространства. В центре интерколумний этой колоннады более широкий по отношению ко всем остальным в базилике и увенчан так называемой триумфальной аркой, которая сочетается с аркой алтарной ниши. Как принято в коптской архитектуре, между колоннами установлены алтарные преграды. Таким образом, в композиции храма использованы два типа базилик, имевших различное назначение в римской архитектуре. С одной стороны, это П-образная колоннада, известная по греческим и египетским ойкосам; с другой стороны, это четыре колоннады вдоль всех стен базилики, которые образуют амбулаторный обход, традиционный для basilica forensis (один из типов судебной базилики). В ранневизантийском Египте возвратный неф и амбулаторный обход были характерны именно для монастырской архитектуры, одним из наиболее ранних образцов которой исследователи называют храм Красного монастыря. П. Гроссман называет одной из причин для образования подобных нефов решение конструктивной задачи, которая заключалась в необходимости создать перекрытия для широких пролётов деревянными балками (редкий и не очень качественный материал в Египте). Для их поддержания требовалось сооружение дополнительных опор. Исследователи отмечают, что такое тяготение к традиционным римским прототипам свойственно церковной архитектуре именно Верхнего Египта (Фиваиды) при сравнении с нижне- и среднеегипетскими храмовыми постройками. В последних раннехристианская архитектура была более открыта различным влияниям, особенно архитектурным стилистическим веяниям Константинополя.