Оформление дверных проёмов, которые связывают пастофории с боковыми нефами и триконхом, идентично. Малые ниши вместе с полукружиями апсид, полукуполами над ними и куполом в центре образуют красивый ритмический строй арочных и сферических форм. Аналогичные ниши с фронтонами и полуфронтонами исследователи встречают в оформлении основного наоса базилики. Их конхи украшены не живописным, а рельефным декором (флоральные, геометрические мотивы) и по сравнению с интерьером Белого монастыря более малочисленны. По замечаниям исследователей, их конструкция и декор более развиты, отражают по сравнению с Белым монастырём позднюю стадию возведения храма. Их хаотично-живописное расположение дополняют более строгие ряды окон по первому, второму и в отдельных частях по треьему ярусам. Нижние ряды окон имеют полукруглую форму, с сужающимися ко внешней стороне простенками, которые впоследствии были заложены до узких проёмов прямоугольной формы. В верхних частях здания окна небольшие, прямоугольные и напоминают исследователям машикули. С южной стороны к базилике Красного монастыря примыкает галерея с подъёмом на второй этаж (в юго-западном углу). Также в ней была устроена часовня, апсида которой обращена на запад. Над боковыми нефами возвышался второй ярус хор, имевших, как полагают исследователи, П-образную форму и окружавших центральное пространство базилики. Нартекс, традиционно предварявший вход в базилики, в Красном монастыре отсутствует. Западная сторона лишена входов, но по центру каждой из боковых стен расположены два просторных и симметричных друг другу дверных проёма. В западной части северной стены была сделана дополнительная дверь. Однако, по мнению Х.Г. Зеверина, все существующие ныне входы появились в процессе работ, проведённых в Красном монастыре в 1906–1907 гг. Комитетом по реставрации арабских памятников искусства: отдельные детали оказались расположенными не на своих оригинальных местах и определить их первоначальное положение не представляется возможным. Входы были вторично оформлены и римскими, и ранневизантийскими деталями – боковыми пилястрами с коринфскими капителями и двумя – тремя рядами перемычек со сложными флоральными и геометрическими мотивами, с включением в них изображений животных и христианских символов. Над перемычками кирпичной кладкой были выложены глухие тимпанные окна. Триконх же, напротив, сохранился в относительно аутентичном виде. Хотя строительство храма Красного монастыря большинство исследователей датируют второй половиной V в., Х.Г. Зеверин на основе анализа архитектурных особенностей и скульптурного декора предложил для основного наоса датировку 525–550 гг., а для системы декора – 533–566 гг. От первых строительных работ по закладке триконха до последних декоративных украшений базилики, по его мнению, прошло около века. Этой периодизации придерживается также Э. Болман, относя первый слой росписей к началу VI в. П. Гроссман раньше датировал постройку VI в., но впоследствии остановился на датировке концом V в. Капители храма были вырезаны специально для христианской постройки в течение первого строительного этапа. Х.Г. Зеверин предлагает для них более чем развёрнутую классификацию. Все они относятся к коринфскому ордеру и состоят из двух колец аканфовых листьев, по восемь в каждом ряду, если это капитель колонны, и по четыре – если капитель пилястры, хотя их количество часто нарушается. Кавликулы по сравнению с классическими образцами укрупнены и акцентированы, дополнены несколькими листьями.