В 1681–1682 гг. Корнилий разослал грамоты с требованием строго пресекать возможность пострижения в монашество мужей при живых жёнах и наоборот («Дополнения к Актам историческим», том 8). Основные идеи Корнилия по надзору за церковным благочинием в епархии нашли отражение в созданном им Тиунском наказе (март 1687 г.). В преамбуле к наказу Корнилий написал, что, желая сохранить Предание и защитить церковь от пороков, в Новгороде был создан Тиунский приказ во главе с соборным ключарём Н. Тихановым и тремя выборными соборными священниками, «искусными и доброжелательными». Приказ должен быть следить, чтобы во всех церквах были единовременный благовест и единогласное пение, благочиние во время церковной службы и крестных ходов, ежедневная служба, регулярные проповеди; соблюдался запрет на пьянство для духовенства. В случае выявления нарушений приказ был обязан поставить в известность митрополита («Акты исторические», том 5). Спустя несколько лет меры по борьбе с пьянством духовенства были усилены. По указу Корнилия от 10 декабря 1690 г. архиерейским разрядным подьячим и недельщикам вменялось в обязанность «имать» всех лиц духовного звания на кружечных дворах, а также на улицах, если они появятся там пьяными, и взимать с них пеню, т.е. штраф («Акты исторические», том 5). За невыполнение этого указа на служащих также налагался штраф. Такое решение Корнилия привело к падению доходов кружечных дворов города, что вызвало недовольство купца С. Гаврилова, который подал в Новгородский приказ челобитную с просьбой, «чтобы освященному чину судимым быть в Великом Новеграде в приказной палате», а не в архиерейском духовном приказе. Дело дошло до патриарха Адриана, который одобрил действия Корнилия и послал увещевательную грамоту челобитчику, чтобы тот «во всём непреслушен и непрекословен» Корнилию был и «никакого досаждения к нему не приносил»; в случае дальнейшего проявления неуважения к Корнилию патриарх грозил С. Гаврилову церковным отлучением («Акты исторические», том 5). В октябре 1692 г. Корнилий составил духовную грамоту, адресованную его преемникам по митрополии. В ней он кратко изложил основные вехи своей биографии, сделав акцент на неразрывной связи с Троицким Зеленецким монастырём, который просил поддерживать и оберегать после своей кончины («Акты, относящиеся до юридического быта Древней России», том 2). В литературе нет единого мнения о принадлежности перу Корнилия Жития преподобного Мартирия Зеленецкого и канона ему же. Епископ Амвросий (Орнатский) и архиепископ Филарет (Гумилёвский) приписывали авторство Корнилию и датировали сочинение 1695 г. Василий Осипович Ключевский был не согласен с их точкой зрения. По мнению Екатерины Владимировны Крушельницкой, Житие было составлено не позднее 1670 гг. (по датировке наиболее раннего списка Жития) по поручению Корнилия неизвестным автором. Канон и Служба преподобному Мартирию в основной части взяты из общих Миней, но тропарь и стихиры, возможно, были созданы Корнилием. 3 марта 1695 г. Корнилий оставил кафедру и удалился на покой в место своего пострижения, в Зеленецкий монастырь, где через три года скончался («на Сырной неделе в пяток»). Погребён в подцерковье Троицкого собора обители, рядом с ракой преподобного Мартирия Зеленецкого (ум. в 1603 г.). В 1912 г. над местом погребения Корнилия была поставлена новая мраморная гробница. Рядом с гробницей Корнилия в деревянном футляре находились его мантия, «светлокофейного цвета, богатой материи», клобук и чётки. В монастыре хранились епитрахиль Корнилия, его костяной и деревянный посохи, а также серебряные складни в позлащённых окладах «мерою в 5 вершков» с изображениями, в частности, священноисповедника Василия Анкирского и мученицы Параскевы, которые, согласно монастырскому преданию, были небесными покровителями родителей Корнилия.