В духовной грамоте Корнилий упоминал, сколько он сделал для обители, будучи митрополитом: «...Недостатки же всех церковных вещей, елико довлеет, святыми иконами, и ризами, и книгами, и всякой утварию, и колоколами исполнишася нашего смирения келейною казною» («Акты, относящиеся до юридического быта Древней России, том 2). В августе 1676 г. Корнилий заказал напрестольное Евангелие в серебряном окладе; в 1695 г. «построил» наперсный крест с частицами мощей многих святых. В Зеленецком монастыре в 1680–1688 гг. были возведены сохранившиеся до настоящего времени каменные Троицкий собор (1683–1684 гг.), примыкающая к нему колокольня, Благовещенская церковь с трапезной, келейные корпуса, ограда с надвратной Иоанно-Богословской церковью. При Корнилии на всей территории епархии велось каменное строительство. Были возведены Никольский собор Вяжищского монастыря (1681–1685 гг.) и Знаменский собор в Новгороде, где хранилась чудотворная новгородская икона Божьей Матери «Знамение» (1682–1688 гг.). По мнению Владимира Валентиновича Седова, в архитектуре этих храмов заметно влияние ростовской школы митрополита Ионы (Сысовевича). Строительство Знаменской церкви Корнилий поддерживал «немалым домовые своея казны истощением и прилежным в деле рассмотрением» («Полное собрание русских летописей», 1879 г., том 3, выпуск 2). В соответствии с новыми представлениями о внутрицерковном пространстве в Софийском соборе были осуществлены изменения: «...Мост поднят, 3 столпа круглые, светлости ради, и окна выбраны и грани высечены и пространство велие учинено» («Полное собрание русских летописей», 1879 г., том 3, выпуск 2). Деятельность Корнилия по укреплению экономических позиций Новгородского дома в целом была весьма успешной. По оценке Б.Д. Грекова, «с середине XVII в. Дом Св. Софии заметно начинает снова расти и к концу века, особенно под пастырским жезлом владыки Корнилия, снова достигает высокой степени богатства и силы, как будто для Св. Софии возвращаются старые времена». При Корнилии были расширены домовые владения кафедры. Так, в 1676 г. сгорело Московское подворье Софийского дома вместе с расположенной рядом церковью св. пророка Илии. Царь Фёдор Алексеевич удовлетворил просьбу Корнилия передать ему землю сгоревшей церкви, после чего за счёт кафедры подворье было отстроено («Полное собрание русских летописей», 1879 г., том 3, выпуск 2). Сложной церковной проблемой во второй половине XVII в. была епархиальная реформа. Новгородский владыка присутствовал на заседании церковного Собора 15 октября 1674 г., постановившего привести границы епархий в соответствие с границами уездов по писцовым книгам так, чтобы уезды полностью входили в состав епархий. В результате часть территорий Новгородской епархии (земли в Угличском и Важском уездах, погосты в дворцовой Устьянской волости) отошла Ростовской митрополии («Акты археологической экспедиции», том 4). Сохранились два письма, датированных апрелем 1677 г., в которых Ростовский митрополит Иона просит Корнилия не собирать подати с переданных Ростовской епархии церквей (Архив Санкт-Петербургского института истории РАН). В ноябре 1681 г. на церковном Соборе по предложению царя Фёдора Алексеевича из состава Новгородской епархии была выделена Холмогорская и Важская архиепископия («Акты исторические», том 5).