В 1684 г. «за некоторые вины» к Корнилию был послан «на послушание» в качестве викария Тамбовский епископ Леонтий; в 1690 г. он был переведён к Суздальскому и Юрьевскому митрополиту Илариону. Корнилий состоял в активной переписке с царевной Татианой Михайловной, а также с царским духовником Меркурием Гавриловым, нередко прибегая к их посредничеству при решении дел Новгородской митрополии в Москве. Одной из наиболее сильных сторон архиерейской деятельности Корнилия исследователи называют заботу о сохранении и приумножении владений новгородского Софийского дома. Раньше в сложных экономических условиях после Смутного времени митрополит Киприан (Старорусенков; 1626–1634 гг.) отказался от ряда церковных земель в пользу государства. Корнилий составил план действий по возвращению этих земель. В октябре 1683 г. он подал на имя царей Ивана и Петра челобитную с просьбой дать выписи из писцовых книг на церковные и пустые вотчинные земли, принадлежавшие кафедре. Писцовые материалы Корнилий подкрепил ссылками на соборные решения и правила св. отцов, прося государей передать ему эти земли. Однако просьба не была удовлетворена. Нередко на челобитные Корнилия о возврате земель светская власть отвечала компенсацией потери денежным жалованьем. Например, вместо возвращения земель, утраченных после «литовского и шведского разорения» и впоследствии «ложно» захваченных помещиками, Корнилий получил жалованье 130 руб. на год («Акты исторические», том 5). Годовое жалованье из приказа Большой казны на 1681/1682 гг. на содержание соборных и приходских церквей Новгородской епархии, покупку лампад и свеч, на жалованье Корнилия, всему чёрному и белому духовенству епархии, церковнослужителям, а также средства на милостыню и богадельни составили 1695 руб. 10 алтын («Акты археологической экспедиции», том 4). Более успешной была деятельность Корнилия по приписке монастырей. По подсчётам Бориса Дмитриевича Грекова, в 1685–1698 гг. к Дому Святой Софии было приписано 35 монастырей, общее их количество к концу архиерейства Корнилия достигло 41. Наиболее распространённым приёмом приписки монастыря к кафедре было обращение с челобитьем к патриарху взять на оброк земли пустующего монастыря на условиях его отстройки и получения прежних монастырских вотчин. Нередко обедневшие монастыри сами просили о приписке к крупному землевладельцу – Новгородскому архиерейскому дому. Основаниями для приписки монастырей в челобитных Корнилия патриарху нередко служат смежность земель, стояние церквей «без пения», защита от соседей, покусившихся на вотчины монастыря, иногда приписка рассматривалась в качестве компенсации за отобранные ранее земли. Вслед за присоединением монастыря кафедра организовывала «дозор» и опись его владений («Акты, относящиеся до юридического быта Древней России», том 2); общее межевание всех монастырей 21 июня 1692 г. («Акты исторические», том 5). Особой заботой Корнилия пользовался Троицкий Зеленецкий монастырь, в котором он принял постриг. К Зеленецкому монастырю были приписаны Иоанновский в Ладоге, Васильевский, Гостинопольский и Спасский Нередицкий монастыри.