В XII–XIII вв. монастырь, получивший статус аббатства, находился под защитой епископов Данкелда, некоторые из них были здесь похоронены. Бауэр (аббат Инчколма в 1417–1449 гг.) описывал Колумбеу как защитника монастыря и всей Шотландии от английских захватчиков. В монастыре хранилось чудотворное изображение святого (скорее всего, как полагают исследователи, статуя – insignis imago). По мнению исследователей, из Инчколма происходит фрагмент антифонария, в котором содержатся нотированные песнопения оффиция в день памяти Колумбы и в октаву праздника  (XIV в.). После вывоза реликвий Колумбы в Кенаннас и в Дун-Каллен монастырь Иона утратил прежнее высокое положение, однако обитель продолжала существовать. Считалось, что на Ионе были похоронены король Кинаэд мак Алпин и многие его преемники. Исследователям неизвестно, как отразилось на жизни монастыря расселение на Гебридских островах скандинавов, занявших часть территории бывшего княжества Дал-Риада. К концу X в. жители Гебридских островов приняли христианство, в том числе под влиянием монастыря Иона, но об этом почти нет точных сведений. В 980 г. Олав Куаран, скандинавский король Дублина, отрёкся от власти, удалился на Иону и вскоре скончался. Исследователи полагают, что скандинавы-христиане с уважением относились к монастырю; такие происшествия, как убийство аббата и 15 «старцев» (do sruithibh) в ночь на Рождество 986 г., исследователи считают следствием междоусобной борьбы между скандинавами, а не враждебности к христианскому духовенству. Благодаря жителям Гебридских островов почитание Колумбы проникло в Исландию. Король Норвегии Магнус III Голоногий, разоривший Гебридские острова, не только пощадил Иону (Святой остров – eyna Helgu), но и проявил уважение к церкви, построенной над могилой Колумбы (Kolumkilla kirkju): он не решился войти в храм и запретил кому-либо делать это в будущем (1098 г.). В «Саге о Хаконе Хаконарсоне» сообщается, что святые Колумба, Олав и Магнус явились шотландскому королю Александру II (1214–1249 гг.) и велели ему отказаться от намерения напасть на Гебридские острова, но король не обратил на это внимание и вскоре умер (о том, что причиной смерти Александра II был гнев Колумбы, говорится и в Хронике Матфея Парижского). В 1203 г. на острове Иона был основан бенедиктинский монастырь во имя Колумбы (monasterium sancti Columbe de Hy insula), ставший духовным центром области Аргайл и Гебридских островов. О реликвиях Колумбы, хранившихся в монастыре, упоминается в более поздних источниках. Когда викинги напали на Шотландию (речь идёт о событиях начала X в.), жители стали молиться Богу и Колумбе об избавлении от вражеского нашествия; им удалось отразить нападение благодаря чудодейственной силе посоха Колумбы, известного как «Катбуад» («Cathbhuaidh»; букв. – «победа в бою»). В монастыре хранилась рука Колумбы, которую правитель Островов Дональд Макдональд (ум. в 1423 г.) поместил в реликварий из золота и серебра (cumdach óir 7 airgid do thaisibh laimhe Choluim Chille). Самая известная реликвия Колумбы, находившаяся в Шотландии, была известна как «Брекбеннах» («Breccbennach»; букв. – «пёстрый (яркий), заострённый»). Исследователи полагают, что «Брекбеннах» (как и «Катбуад») считался чудодейственным «знаменем», дарующим победу в бою. О происхождении реликвии сведений нет.