По мнению исследователей, святыни, хранившиеся на Ионе, были разделены между ирландской и шотландской частями конгрегации Колумбы. Скорее всего, как полагают исследователи, это было вызвано нападениями скандинавов, расселившихся на Гебридских островах. В 878 г. в связи с междоусобной борьбой в Шотландии и угрозой вторжения викингов раку с мощами Колумбы и другие реликвии святого (scrín Coluim Cille 7 a minna olchena) привезли в Ирландию. О гробнице (sepulchrum, tumulus) Колумбы, находившейся в Шотландии, говорится в Житии св. Кадроэ, которое было написано в 982–983 гг. в Меце. Построенную королём Кинаэдом церковь, где хранились мощи Колумбы, обычно отождествляют с церковью Дун-Каллен, которая впервые упоминается в ирландских анналах под 865 г. Согласно англосаксонскому перечню гробниц святых, составленному около 1030 г. с использованием более ранних источников, мощи Колумбы находились в Дун-Каллене. В конце XII – XIII вв. изображение Колумбы в одеянии бенедиктинского аббата, в митре и с посохом, помещали на печатях епископов Данкелда. Самое раннее изображение раки святого, напоминающее ирландские реликварии, сохранилось на печати соборного капитула (конец XII в.); за ракой виден посох с изогнутым навершием. На более поздней печати (конец XIII в.) помещена фигура Колумбы, восседающего в окружении монахов на фоне готического храма (надпись: «Св. Колумба, ты – добрый пастырь своих служителей»); на обороте изображена готическая рака с мощами святого, установленная внутри собора. По указанию епископа Томаса Лодера (1452–1475 гг.) в алтарной части собора были выполнены росписи с 20 сценами чудес Колумбы, у главного алтаря установили две статуи святого. В 1500 г. благодаря мощам Колумбы жители Данкелда спаслись от эпидемии. Король Яков IV (1488–1513 гг.), особо почитавший Колумбу, даровал привилегии епископской кафедре Данкелд и монастырю Колумбы на острове Инчколм. Почитание Колумбы в Данкелде прервалось в связи с Реформацией в Шотландии: в 1560 г. представители протестантской знати во главе с Александром Кэмпбеллом, пятым графом Аргайлом, потребовали уничтожить алтари собора и «очистить церковь от всякого рода идолов». После Реформации в Шотландии (как и в Ирландии) были утрачены почти все памятники с иконографией Колумбы. О почитании Колумбы королями Шотландии свидетельствует практика наречения имени: первым шотландским правителем, названным в честь святого, был Маэл Колум мак Домналл (Малькольм I; 943–954 гг.), последним – Малькольм IV (1153–1165 гг.). В XII–XIII вв. имя Маэл Колум (его примерное значение – «слуга Колумбы») было распространено в гэльской Шотландии. В Ирландии имена Маэл Колум, Гилла Колум и Ку Колум (пёс Колумбы) также использовались, но они могли указывать на почитание других святых по имени Колум (Колман). По указанию шотландского короля Александра I была выполнена рукопись Жития Колумбы, составленного Адомнаном; монах Симеон добавил к тексту Жития стихотворную молитву за короля. По свидетельству шотландского историка Уолтера Бауэра, Александр I основал августинский приорат св. Колумбы на острове Инчколм (ecclesia sancti Columbe de Insula), где к тому времени находилась древняя капелла во имя святого.