Исследователям известно, что 3 апреля того же года архимандрит Владимир отправил в духовную консисторию прошение: разрешить продать старую церковную утварь, а на вырученные деньги купить новую. 21 сентября 1886 г. при архимандрите Владимире состоялось освящение вновь отремонтированного Троицкого храма. 7 июня 1722 г. решением Синода насельник Козловского монастыря иеромонах Нифонт был извержен из сана и лишён монашества «за святотатство» и кражу из церкви привесов к иконе. В 1764 г. в Козловском монастыре проживали игумен и 20 монахов, в 1812 г. – 11 насельников, в том числе восемь выходцев из духовного сословия. В мае 1828 г. в Козловский монастырь был направлен «для исправления» под надзор настоятеля старец иеромонах Иларион (Здобин), братский духовник Саровской пустыни. 19 июня 1828 г. козловский иеромонах Димитрий докладывал о старце: «...В течение мая месяца никуда из монастыря не отлучался, вёл себя хорошо и соответственно монашескому званию равно и ни в каких худых поступках никогда не замечен». В 1854 г. в монастыре числились 30 насельников, в том числе 20 выходцев из духовного сословия, в 1876 г. – 29 чел., в том числе казначей игумен Павел, духовник иеромонах Геннадий, в 1908 г. – 13 монашествующих и 11 послушников, в 1910 г. – 28 насельников, в том числе духовник схииеромонах Феофан, благочинный иеромонах Николай и казначей иеромонах Платон. В начале 1920 г. предпринимались попытки устроить в стенах обители концентрационный лагерь. 26 марта в Тамбове состоялось заседание Секции охраны памятников и искусства, на котором решался вопрос о невозможности организации на территории Козловского монастыря концентрационного лагеря в связи с тем, что он является памятником архитектуры и должен быть «открыт для широких масс». В начале 1920 гг. имущество Козловского монастыря было реквизировано, ценные бумаги, деньги и реликвии подлежали сдаче в казначейство. Насельники до 55-летнего возраста были выселены как тунеядцы, а престарелые и больные монахи переведены в ведение отдела социального обеспечения. В 1921 г. монастырская дубовая роща после частичной вырубки была зачислена в разряд памятников природы, в 1924 г. постройки монастыря вошли в список памятников церковной старины. В 1926 г. территория монастыря была передана в распоряжение питомника плодовых сортов Ивана Владимировича Мичурина. Согласно постановлению Тамбовского губернского исполнительного комитета от 19 октября 1927 г., кладбище при монастыре было ликвидировано, значительная часть монастырской стены, часовня над Капитоновым колодцем и два яруса колокольни разобраны. К началу 1950 гг. сохранялись обе церкви, остатки колокольни, угловая башня, часть монастырской стены, архиерейский корпус, гостиница. В 1952 г. областное руководство приняло решение разобрать колокольню, а в 1953 г. Тамбовский областной совет постановил, что Троицкая церковь «не является памятником архитектуры». 31 июля 1957 г. Мичуринский исполком на основании акта осмотра храма за подписью «уполномоченного Пузанкова» решил, что «означенное здание никакой архитектурной, исторической или художественной ценности не имеет». Храм разобрали, кирпич использовали при жилищном строительстве. В Успенской церкви был размещён музей Центральной генетической лаборатории имени И.В. Мичурина (ЦГЛ), в 1960 гг. на верхнем этаже Успенского храма устроен клуб.