На территории Козловского монастыря погребены почитаемые иеромонахи Капитон, Нектарий и козловский юродивый Иоанн Семёнович Григорьев (1791–1820 гг.), на могилах которых регулярно служились панихиды, зафиксированы случаи исцелений. По просьбе настоятеля Козловского монастыря и ректора Тамбовской духовной семинарии архимандрита Феоктиста насельник Козловского монастыря иеромонах Филарет в 1860 гг. составил «Житие Ивана Семёновича Григорьева». В 2011 г. наместник одесского монастыря во имя св. Илии пророка архимандрит Виктор (Быков) во время посещения Святой горы обнаружил в Пантелеимоновом монастыре портрет юродивого Иоанна. К 2014 г. в архиве Козловского монастыря хранилась фотокопия портрета. К обители совершались городские крестные ходы: в дни празднования Святой Троицы и Успения Пресвятой Богородицы, а также в девятую пятницу после Пасхи для благословения ржаных хлебов и раздачи нищим. Одновременно у стен монастыря устраивались ярмарки. С сентября 1761 г. Козловский монастырь возглавлял бывший строитель Саровской в честь Успения Пресвятой Богородицы пустыни архимандрит Исаакий. 21 сентября того же года Тамбовский епископ Пахомий (Симанский) отправил архимандриту Исаакию послание-устав с регламентацией богослужебной жизни в обители. Но внутренняя жизнь Козловского монастыря приходила в упадок. 25 июля 1791 г. игумен Варлаам составил «письменные правила» для козловской братии. Среди прочего игумен требовал: входные ворота в обитель запирать строго в 21 час, а «кто не успеет придти в назначенное вечернее время, наказывать – стоять на коленях в церкви целую службу», отлучаться из монастыря иноки могли лишь один раз в неделю и только с письменного разрешения настоятеля (под страхом «посаждения в железы» на два дня), все пожертвования предписывалось отдавать «в кружку» казначею иеромонаху Кирику. Часть братии отказалась подписывать эти правила, посчитав их слишком строгими. По совету Тамбовского епископа Феофила (Раева) игумен Варлаам написал послание, в котором напомнил монахам об обете послушания: «О други мои! Где ваша совесть, где ваше монашеское обещание? До какого самовластия и распутства довели себя, что забыли ко мне духовнаго дружества... Как предстаните ко олтарю, моля Послушливого бывшего до смерти Крестныя?» Исследователи полагают, что игумену Варлааму удалось убедить насельников принять новый устав: по некоторым сведениям, часть братии даже «решила увеличить свои молитвенные подвиги», прибавив к обычному чинопоследованию чтение канонов и акафистов. В октябре 1793 г. игумен благословил на всех службах, кроме вечери, произносить проповеди «для назидания братии и богомольцев». Настоятель (1826–1831 гг.) архимандрит Николай (Соколов; ум. 17 сентября 1851 г.) в 1831 г. был хиротонисан во епископа Дмитровского, викария Московской епархии, настоятель (1847–1852 гг.) архимандрит Платон (Фивейский) в 1856 г. – во епископа Старорусского, викария Новгородской епархии, настоятель (1859–1860 гг.) архимандрит Феоктист (Попов) в 1869 г. – во епископа Старорусского, викария Новгородской епархии, настоятель (1860–1868 гг.) архимандрит Геннадий (Левицкий; ум. 10 февраля 1893 г.) в 1868 г. – во епископа Сарапульского, викария Вятской епархии. С 9 февраля по 6 октября 1886 г. настоятелем Козловского монастыря был архимандрит Владимир (Богоявленский; впоследствии митрополит Киевский и Галицкий).