Так, в июне 1684 г. И. Енков из села Изосимова сделал вклад в обитель – 22 копны ржи, 24 «четвертки» проса, два «круга конопей», 300 «четверток пшеницы», «кобылу саврасу» и «шерсти 21 гривенку». В июле того же года А. Овлов из Хмелевой слободы в придачу к «мерину серому, светлая грива направо с пометой» подарил 10 копён ржи, двух коров, четыре улья и «круг конопей». Лошадей монахи продали, выручив за одного «буланого коня» 15 руб. Вклады в монастырское хозяйство делались при пострижении. Так, старец Александр вложил 13 алтын и 12 копён ржи, а старец Конон – 12 ульев. На монастырской земле выращивали рожь и горох, пшеницу братия обычно закупала. На монастырском огороде росли лук и чеснок, капуста и репа. Урожаи были невелики, поэтому «севошные семена» и овощи приходилось приобретать. Покупали также хмель, ягоды черёмухи и «перепечу» (мяту), чтобы варить квас и пиво. Все сельскохозяйственные работы выполняли наёмные работники: пахали, сеяли, жали, косили и убирали сено. В 1682 г. повелением царя Фёдора Алексеевича была учреждена Тамбовская епархия, настоятелями Козловского монастыря стали архимандриты. В обители проживали 30 насельников под началом архимандрита Дорофея, который «о приращении и украшении обители, а паче о содержании благочестия и хранении устава, и о согласии братии весьма усердное имел старание». Первый Тамбовский и Козловский епископ Леонтий решил приписать Козловский монастырь к архиерейскому дому, чем «вооружил против себя значительное число лиц из духовенства и мирян в Козлове. Вождём оппозиции явился настоятель Козловского монастыря архимандрит Дорофей». Городское духовенство и миряне отправили патриарху Иоакиму жалобу на своего епископа. 12 мая 1682 г. царь Пётр I выдал жалованную грамоту «по челобитью козловцев градских и уездных людей», чтобы Козловский монастырь «к иным монастырям не приписывать». В 1684 г. епископ Леонтий был сослан в Евфимиев суздальский в честь Преображения Господня монастырь. 1 сентября 1684 г. патриарх Иоаким назначил на Тамбовскую кафедру архимандрита Питирима, 15 февраля хиротонисал его в Успенском соборе Московского Кремля. В феврале 1685 г. монахи Козловского монастыря отправили в столицу для новопоставленного епископа «подводу с лебедями», а в марте прибыли в Москву, где «в почести» епископу Питириму купили подарков на 5 руб. 28 алтын и Октоих за 3 руб. 20 алтын. 27 февраля 1686 г. епископ Питирим прибыл в Козлов, несколько дней прожил в обители, а 3 апреля 1687 г. выдал жалованную грамоту архимандриту Дорофею на возведение каменной Троицкой соборной церкви. 19 августа 1692 г. новый храм был освящён, а святитель пожертвовал братии образ Святой Троицы в окладе «с венцами и гривнами златыми». В строительстве храма участвовали плотники, кровельщики, «что башни покрывали», рабочие «по каменному делу», которым платили «за кирпичное и каменное ломание» (так, 6 руб. задатка получил «гулящий человек» Козьма Еремеев сын Скрылев, подрядившийся «на кирпичное дело»). В 1699 г. сгорели все деревянные постройки обители, но вскоре Козловский монастырь был отстроен. В 1764 г. Козловский монастырь стал третьеклассным, с 20 насельниками, 42 приписными крестьянами; по ревизии 1782 г., к обители было приписано лишь 16 крестьян.