Третья часть посвящена Киевскому митрополиту Исидору и его позорной, по мнению автора, миссии во Флоренции. В последней части рассказывается о вооружённом нападении «крыжаков» (крестоносцев) на Афон в XIII в. и о чуде, которое произошло в Ксиропотамском монастыре. По рассказу Клирика Острожского, Флорентийская уния была основана на католической догматике и обряде: на Соборе были утверждены Символ веры с Filioque, причастие опресноками, учения о чистилище и о папе Римском как о наместнике Христа. Эти решения были достигнуты принуждением («тортурами»): православных участников Собора мучили голодом и заключением. Клирик Острожский пишет о том, что Константинопольский патриарх Иосиф II был задушен, после чего в руки ему вложили текст с поддержкой унии. Значительное место в «Истории...» отведено борьбе с унией на Соборе Эфесского епископа св. Марка Евгеника (Клирик Острожский использовал трактат Марка Эфесского об исхождении Святого Духа). Клирик Острожский считает захват османами Константинополя наказанием византийскому императору Иоанну VIII Палеологу за отступничество от православия. Полемист рисует картину расстройства общественной жизни в Речи Посполитой в результате принятия Брестской унии: братоубийство и смута, противостояние короля с подданными, измена присяге, нарушение прав древней веры. Заключение содержит обращение к православному соотечественнику, в котором восхваляется Церковь-Мать, противопоставляемая католической «блуднице». Существуют содержательные параллели между сочинением Клирика Острожского и великорусскими памятниками середины XV в., направленными против Флорентийской унии: «Повестью о Флорентийском Соборе» Симеона Суздльца, посланием митрополита св. Ионы и Собора епископов в Великое княжество Литовское, «Словом... на латыню», на основе которого построено повествование об этом сюжете московского великокняжеского летописания (начиная со свода 1479 г.). При сходстве многих сюжетов в произведении Клирика Острожского и в великорусских текстах между ними исследователи находят многочисленные расхождения. Иначе, нежели в московских источниках, Клирик Острожский рассказывает о судьбе митрополита Исидора. Уехав из Флоренции, митрополит не смог добраться до Москвы, потому что был арестован по дороге, позже он бежал в Рим, оттуда был отправлен в Царьград (Константинополь). После захвата Константинополя османами Исидор вернулся на Русь. Воспринимая постигшие его несчастья как наказание от Бога, он раскаялся в униатстве, за что римский архидиакон и проповедник Бенедикт его отравил. Клирик Острожский вспоминает и другую версию, согласно которой Исидора убили киевляне. Неизвестное ни великорусским, ни западнорусским источникам упоминаемое Клириком Острожским послание папы Евгения IV к Константинопольскому патриарху Иосифу с требованием назначить Исидора на Русскую митрополию. Из протестантской полемической литературы Клирик Острожский заимствовал мысль о папе, который «слушается дьявола», в «Истории...» дьявол выступает советчиком папы Евгения. Хотя в «Истории...» исследователи обнаруживают свидетельства знакомства её автора с великорусскими произведениями, направленными против Флорентийской унии, московские тексты нельзя считать непосредственным источником сочинения Клирика Острожского (в литературе встречается утверждение, что Клирик Острожский использовал послание Московского великого князя Василия II Васильевича византийскому императору Константину XI Палеологу (1452 г.), что исследователи считают неверным, потому что послание не было отправлено).