Ипатий Потей написал ответ на текст Клирика Острожского, в котором выразил возмущение, что автором текста был не князь К.К. Острожский, а неведомый аноним, спрятавшийся под «личманом скомороским». Ипатий Потей упрекал Клирика Острожского в недостаточной образованности, отразившейся в его литературной манере. Униатский Владимирский епископ обвинил православных в нарушении общественного порядка в Речи Посполитой и в бунте против власти, чем, по его мнению, были вызваны репрессии против них. 1599 г. датируется небольшой по объёму ответ Клирика Острожского на второе письмо Ипатия Потея («На второй лист велебного отца Ипатиа, Володимерского и Берестейская епископа»). Письмо не было опубликовано до начала XX в. Послание не подписано, но сомнений в авторстве Клирика Острожского у исследователей нет. Послание состоит из обращения к читателю и текста письма. Важное место в письме занимают обвинения против униатских епископов в нарушении церковных канонов, в связи с чем автор выступает против примата пап. Как и Иоанн (Вишенский), Клирик Острожский противопоставляет гонимую и униженную православную церковь погрязшему в роскоши гордому католичеству и приходит к выводу о том, что истинной Христовой церковью является православие. Автор нарисовал трогательный образ Церкви-Матери как вдовы, горюющей о том, что её сыновья покинули её в несчастье (считается, что этот образ был развит Мелетием (Смотрицким) в сочинении «Плач Единой Святой Вселенской Апостольской восточной Церкви» (Вильно, 1610 г.). О реакции Ипатия Потея на второе письмо Клирика Острожского исследователям неизвестно. Наиболее значительным произведением Клирика Острожского считается направленная против унии «Историа о листрикийском, то есть о разбойническом, Ферарском, або Флоренском, синоде...», написанная в качестве приложения к первому письму с целью «просветить» Ипатия Потея. В Речи Посполитой информация о Ферраро-Флорентийском соборе не была широко известна до конца XVI в. в отличие от России, где памятники с критикой Флорентийской унии имели хождение с середины XV в. В связи с подготовкой и принятием Брестской унии 1596 г. тема Ферраро-Флорентийского собора в последней четверти XVI – начале XVII вв. стала одной из центральных в межконфессиональной полемике в Польско-Литовском государстве, поскольку Брестская уния была провозглашена возвращением к «флорентийскому единству». К Флорентийской унии апеллировали Пётр Скарга (1577, 1597 гг.), Ипатий Потей (1595 г.). Издание «Истории...» Клирика Острожского усилило внимание к процессу появления унии на русских землях. В 1603 г. Ипатий Потей под псевдонимом Пётр Фёдорович издал историю Ферраро-Флорентийского собора, где опубликовал акт Флорентийской унии и проанализировал источники по истории Собора. Униатский митрополит стремился доказать, что уния на Руси укоренилась издавна, поддерживалась польскими королями. Он опубликовал письмо православных Литвы папе Сиксту IV 1476 г. с признанием Флорентийской унии и с просьбой поставить на Киевскую кафедру Смоленского епископа Мисаила. В 1609 г. в Кракове увидела свет написанная иезуитом К. Пентковским подробная история Ферраро-Флорентийского собора. К. Пентковский не связывал Флорентийскую и Брестскую унии, хотя и призывал к поддержке униатов в Речи Посполитой. «Историа...» Клирика Острожского состоит из четырёх частей. В первой части излагается ход Ферраро-Флорентийского собора, передана дискуссия по догматическим и обрядовым вопросам. Во второй части разоблачается роль в организации Собора «опата» (аббата) родосского (так автор назвал сторонника унии настоятеля монастыря св. Антония на Родосе, который на Ферраро-Флорентийском соборе представлял Коптскую церковь).