В частности, термин «нетварная» раскрывает её осмысление в качестве зиждущихся в Боге милости и благоволения к твари (favor divinus), проявляющихся в божественном действии (That); «тварная» – в качестве происшедшего от этой милости дара в тварном существе. Благодать есть неустранимое условие спасения и освящения (Heil und Heiligung) человека на всех этапах этого процесса, поскольку лишь посредством благодатного самораскрытия (Selbstoffenbarung, Selbstmanifestation) Бога, свободно преодолевающего Свою сокрытость и трансцендентность и тем самым заполняющего безмерную пропасть между Собою и миром, возможно Его присутствие как объекта познания и воли, возможно вселение божественной силы в тварь. Действие благодати в некотором смысле снимает онтическую и гносеологическую непропорциональность в отношениях Бога и мира, поскольку таким образом бесконечное как бы «оконечивает» себя (sich verendlicht), полнотою своего присутствия «обесконечивая» (verunendlicht) конечное и обеспечивая тем самым познание подобного подобным. Полемизируя с протестантскими богословами, Генрих Клее отрицает их несоответствующее Преданию церкви понимание оправдания человека как акта провозглашения его праведным ввиду того, что ради Жертвы Христа грех верующему больше не вменяется. Напротив, Генрих Клее видит смысл оправдания и освящения в реальности обновления человека, причастности новой жизни, вселения в него божественного Духа, подчёркивая при этом длительность, развитие во времени этих даров и состояний, а также важность активного человеческого соучастия в благодатном действии Бога. Фундаментальной составляющей этого процесса является дарованная человеку свобода воли, лежащая в основании всей христианской догматики и этики. Характеризуя нравственный закон персоналистически (как провозглашённую подчинённым личностям «разумную волю их свободного, личностного Господа»), Генрих Клее подчёркивает принципиальную недостаточность категорического императива. Важнейшим средством на пути освящения и морального совершенствования являются церковные таинства. Наряду с Антоном Гюнтером и богословами католической тюбингенской школы Генрих Клее разрабатывает учение о церкви как таинстве спасения, ставшее одним из центральных в экклезиологии католицизма в XX в. Церковь «есть великое таинство и совокупность (Complexus) всех таинств», действенной первопричиной (Ursache) и первоосновой (Urgrund) которых является Сам Бог. Поэтому быть в церкви – значит быть во Христе. Как таинство благодатно присутствующей в ней Пресвятой Троицы, церковь является подлинной исторической объективацией христианства, действенным знаком, средством и живым органом спасительной благодати в пространстве и во времени. Непрестанное становление (Werden) и развитие (Entwicklung) церковной реальности обусловливаются в экклезиологии Генриха Клее представлением о «сакраментальном витализме», сформированном под влиянием идей романтической философии, в особенности Фридриха Вильгельма Йозефа Шеллинга. Говоря о почитании священных изображений, Генрих Клее указывает на библейские основания и древнюю церковную практику, а также опирается на учение седьмого Вселенского собора. Предпринятую в западном христианстве в начале IХ в. коррекцию иконопочитания Генрих Клее объясняет как недопониманием каролингскими богословами тонкостей греческой терминологии и особенностей благочестия, так и общей враждебностью церкви во Франкской империи по отношению к Востоку. Следовательно, их полемические аргументы, по убеждению Генриха Клее, не могут иметь сколько-нибудь значимого богословского веса в сравнении с соборно принятым догматом.