Поскольку для Генриха Клее душой истории человечества является религия, а душой религии – догма, в раскрытии богословских понятий, процессов их происхождения и развития находится ключ к пониманию всей жизни человеческого рода). Таким образом, Генрих Клее пытается заложить догматическое основание в построение картины мироздания. В основании такого подхода лежит идея о том, что сотворённый универсум и его историческое развитие представляют собой разворачивающееся во времени в различных образных формах (abbildlicherweise) высказывание божественного Слова вовне, «Его великое космическое воплощение (Einfleischung)», достигающее уровня «конкретной божественной логики и диалектики» во втором творении – в пришествии Иисуса Христа и Его деяниях. Полнота этого «изречения» осуществится в конце времён и исполнится безмерной славой в вечности. Соответственно лишь в действительности и истории христианская догматика обретает прочное основание для кратчайшего и надёжного достижения своей исконной цели – данное «позитивно и фактически» на все времена во Христе, сохранённое апостольской церковью Откровение постичь в его внутренней истинности, всё глубже осмысляя, раскрыть самим себе и другим содержащуюся в нём полноту мудрости и тем самым сделать её, насколько удастся, достоянием внутреннего духа. Апологетический подход Генриха Клее проявляется в его изложении учения о Боге. Наряду с утверждением об универсально присущей человеку идее Бога, не являющейся следствием внешнего воздействия или логических операций, но данной ему при творении, Генрих Клее приводит космологические, антропологические, онтологические доказательства Его бытия. Генрих Клее также имплицитно полемизирует с «философами нового времени» (имеется в виду, прежде всего, Георг Вильгельм Фридрих Гегель и его приверженцы), отрицая их пантеистические представления о безличном божественном Абсолюте, обретающем персональность лишь в процессе истории. В качестве контраргумента Генрих Клее ссылается на библейские свидетельства явления Бога Отца, носящие личностный характер, раскрывающие Его индивидуальность (Persönlichkeit), и на безоговорочный консенсус в этом вопросе всей христианской традиции. Благодаря развитой пневматологии многие разделы догматического богословия Генриха Клее получают внутреннюю динамичность. Несмотря на то что Генрих Клее говорит о происхождении Святого Духа «из субстанции Бога», не отказывается от восходящего к Августину Блаженному представления о Нём как о связи между Отцом и Сыном, формально соотносящейся с волей или взаимной любовью, и утверждает Его исхождение (наряду с формулой «от Отца через Сына») от Них Обоих как от единого начала, он постоянно говорит о Духе как о божественной Личности (Person, Persönlichkeit), настоятельно подчёркивает Его особую внутритроичную самостоятельность (die wahrhaftige Subsistenz und persönliche Besonderung des Geistes) в силу неизъяснимого, но реального отличия образа Его происхождения от Отца как «spiratio» (лат. «дыхание») от предвечного «рождения» Сына, отмечает специфическую домостроительную активность Святого Духа. Святой Дух полноценно участвует во взаимопроникающем имманентном пребывании Лиц Пресвятой Троицы друг в друге (circuminsessio).