Реформирование монастырей кларисс провели в 1420 г. Франческина из Джуссано, в 1424 г. Маргарита из Сульмоны. Особняком стоит реформа концепционисток, женской монашеской конгрегации, основанной в 1484 г. католической святой Беатрисой да Силва Менезиш, знатной дамой при дворе королевы Изабеллы Португальской. В 1447 г. Изабелла вышла замуж за Хуана II, короля Кастилии и Леона, и Беатриса да Силва Менезиш отправилась с ней к кастильскому двору. Однако королева вскоре стала ревновать к ней мужа. Чтобы избежать подозрений, Беатриса удалилась в доминиканский монастырь, где прожила сорок лет, не принося монашеских обетов. В 1484 г. она основала обитель, посвящённую Непорочному Зачатию Девы Марии. 30 апреля 1489 г. папа Иннокентий VIII буллой «Inter universa» позволил ей создать новую монашескую конгрегацию, посвящённую Непорочному Зачатию; члены этой конгрегации должны были жить по уставу цистерианцев. В 1501 г. папа Александр VI объединил конгрегацию концепционисток с женской бенедиктинской общиной из Сан-Педро-де-лас-Дуэньяс. Объединённая конгрегация жила по уставу св. Клары Ассизской, но в 1511 г. папа Юлий II разрешил монахиням разработать собственный. В середине XV – начале XVI вв. важную роль в истории кларисс сыграла реформа Ордена францисканцев. Споры между обсервантами, которые отстаивали строгое соблюдение устава св. Франциска Ассизского в том, что касалось абсолютной бедности, и конвентуалами, стоявшими за организацию монастырей по подобию других католических Орденов, привели к появлению в Ордене параллельной иерархии: обсервантам была предоставлена автономия. Разделение Ордена на две ветви окончательно закрепил папа Лев X в 1517 г. Эта реформа спровоцировала разделение и в Ордене кларисс: в зависимости от того, к какой ветви францисканского Ордена принадлежали провинциальные министры и визитаторы, управлявшие той или иной общиной, монастыри кларисс также разделились на две обсервации. В XVI в. серьёзные последствия для Ордена кларисс имела Реформация. Однако во второй половине XVI – начале XVII вв. возобновился бурный рост монастырей кларисс, которые основывались не только в Европе, но и в Новом Свете. В 1580 гг. действовали около 600 монастырей кларисс. Тридентский собор предписал клариссам строгое соблюдение затворнической жизни. После появления в 1525 г. капуционов (официально Орден утверждён в 1560 г.) по инициативе испанки Марии Лоренсы Лонго (1463–1542 гг.) в Ордене кларисс была проведена похожая реформа (подробнее см. ст. Капуцины). В 1540 г. католический святой Пётр Алькантарский основал алькантарскую ветвь францисканцев-обсервантов, которая отличалась самым строгим соблюдением устава и отказом от ношения обуви. Женская ветвь алькантарских кларисс была утверждена в 1676 г. папой Римским Климентом X. Монахини этой обсервации давали обет молчания, практиковали непрерывную молитву (материальными нуждами таких монастырей занимались терциарии).