Стремясь, как полагают исследователи, к унификации монастырей кларисс и установлению контроля над ними, летом 1228 г. папа изъял общины кларисс из юрисдикции местных епископов и подчинил напрямую Папскому престолу. В официальной переписке общины именовались «орденом св. Дамиана». Дальнейшие действия понтифика привели к конфликту с Кларой Ассизской. В 1230 г. папа буллой «Quo elongati» запретил монахам-францисканцам проповедовать в обителях «ордена св. Дамиана» без папского дозволения. Клара Ассизская, протестуя против этого, отослала из своего монастыря всех мирян, занимавшихся сбором милостыни для соблюдавших затвор монахинь. Папе пришлось отменить своё решение для общины Сан-Дамиано. После смерти Григория IX (22 августа 1241 г.) Агнесса Богемская обратилась к его преемнику, папе Иннокентию IV, с просьбой изменить сложившуюся у кларисс ситуацию, когда монахини должны были соблюдать предписания Франциска Ассизского наряду с уставом 1218 г. (quod impossibile reputetur quod in ordine tuo duae regulae debeant observari). Сначала папа настаивал на соблюдении устава (папское послание «Divini timore» от 13 ноября 1243 г.), но позднее буллой «Cum omnis» от 6 августа 1247 г. утвердил для кларисс новый устав, который назывался уставом св. Франциска (хотя в основе лежал прежний устав, 1218 г.). Этим шагом папа намеревался продемонстрировать духовную и юрисдикционную связь между клариссами и Орденом францисканцев, тем более что монастыри кларисс были окончательно подчинены генералу Ордена францисканцев. Однако общинам кларисс было разрешено владеть рентами и общим имуществом, что противоречило францисканскому принципу абсолютной бедности и полученной клариссами «привилегии бедности». Вероятно стремясь решить это противоречие, в 1247 г. Клара Ассизская составила новый устав для кларисс. В качестве основы она использовала устав Ордена францисканцев, который получил устное папское утверждение до четвёртого Латеранского собора (официально апробирован Папским престолом в 1223 г.), что позволяло избежать канонических препятствий и сообразовать жизнь кларисс в соответствии с монашескими принципами, которые проповедовал Франциск Ассизский. Устав францисканцев был приведён в соответствие с нуждами женской общины, живущей в затворе. В 1252 г., уже будучи тяжелобольной, Клара Ассизская обратилась к папе за утверждением этого устава. 16 апреля 1253 г. устав был одобрен кардиналом Ринальдо (впоследствии папа Александр IV), а 9 августа, за два дня до смерти Клары Ассизской, его утвердил Иннокентий IV (булла «Solet annuere»).