Несмотря на близость женской общины Сан-Дамиано к Ордену францисканцев и стремление монахинь во всём следовать примеру Франциска Ассизского, Клара больше сорока лет добивалась того, чтобы приблизить образ жизни кларисс к францисканскому и сделать его менее похожим на образ жизни бенедиктинских монахов. По решению четвёртого Латеранского собора (1215 г.) было запрещено основывать новые религиозные Ордены. Исследователям известно, что в том же году Клара Ассизская приняла сан аббатисы; вероятно, потому, что община Сан-Дамиано не имела собственного устава и была вынуждена сообразовать свою жизнь с бенедиктинскими правилами (исследователи полагают также, что Клара приняла титул аббатисы по настоянию Франциска Ассизского, который в это время планировал отправиться в Марокко с проповедью христианства). По мнению исследователей, в июле 1216 г. папа Иннокентий III (1198–1216 гг.) даровал общине Сан-Дамиано «привилегию бедности»: членам общины дозволялось жить «без всякого имущества» и не принимать никакой собственности даже в общее пользование. Первый устав для женской общины Сан-Дамиано составил папский легат в Тоскане и Ломбардии кардинал Уголино деи Конти ди Сеньи. В переписке с Папским престолом он упоминал о женской общине Сан-Дамиано и других похожих, просил разрешения оказывать монахиням поддержку от имени папы и составить для женских общин, имеющих сходный образ жизни, общий устав. Буллой «Litterae tuae» от 27 августа 1218 г. папа Гонорий III разрешил составление такого устава. В его основу легло Правило Бенедикта Нурсийского, и в нём ничего не говорилось о главном принципе жизни францисканских монахинь – следовать за Христом в бедности, не владея никаким имуществом. Община Сан-Дамиано и женские обители, возникавшие по её примеру, должны были соблюдать этот устав, хотя он не соответствовал идеалам евангельской жизни, которые проповедовал Франциск Ассизский и к которым стремились Клара Ассизская и её сподвижницы. По указанию кардинала были основаны монастыри кларисс: в 1217 г. – во Флоренции, в 1218 г. – в Лукке, в 1219 г. – в Перудже и Сиене. Несмотря на новый устав, положение кларисс было двойственным: они пользовались «привилегией бедности» (эту привилегию подтвердили папы Григорий IX (1228 г.) и Иннокентий IV (1253 г.)), но внутренний распорядок их жизни оставался бенедиктинским. Дочь чешского короля Пржемысла I Отакара Агнесса Богемская, по примеру Клары Ассизской основавшая в Праге женский монастырь кларисс и состоявшая в переписке с католической святой, на основе предписаний Франциска Ассизского составила свой вариант устава и между 1237 и 1238 гг. отослала его папе Римскому Григорию IX. В ответном письме («Angelis gaudium», 11 мая 1238 г.), ссылаясь на то, что указания, данные св. Франциском Ассизским монахиням Сан-Дамиано, были «всего лишь молоком, а не твёрдой пищей», понтифик запретил клариссам следовать какому-либо другому уставу, кроме составленного им в 1218 г. В декабре 1227 г. папа Григорий IX буллой «Quoties cordis» поручил опеку над клариссами генералу Ордена францисканцев, однако в тексте буллы не упоминалось о роли Франциска Ассизского в основании общины Сан-Дамиано и, следовательно, о принципиальной связи кларисс с Орденом францисканцев.