Устав (полное название – «Образ жизни ордена нищих сестёр, который установил блаженный Франциск» («Forma vitae ordinis sororum pauperum quam beatus Franciscus instituit»; русский перевод: «Правило св. Клары». 1996 г.)) состоял из 12 глав и предписывал клариссам нести покаяние, следовать Евангелию, «жить в высочайшей нищете» и в «христианском братстве», сохранять верность католической церкви и быть послушными папе Римскому, вести молитвенную жизнь в затворе, заниматься физическим трудом. Клариссы подчинялись генералу Ордена францисканцев; министры орденских провинций назначали для управления местными общинами кларисс визитаторов. Папа также ещё раз подтвердил дарованную клариссам «привилегию бедности». Хотя составленный Кларой Ассизской устав был одобрен только для общины Сан-Дамиано, впоследствии его приняли монастыри кларисс в Праге, Неаполе, Фолиньо и др. Во второй половине XIII в. сестра французского короля Людовика IX Святого католическая святая Изабелла Французская, желая учредить во Франции ещё один монастырь кларисс (первый монастырь кларисс был основан в Реймсе в 1220 г.), обратилась к папе Римскому Александру IV с просьбой составить для него устав. Монастырь был построен в местности Лоншан у ворот Парижа. Папа утвердил устав 10 февраля 1259 г., после его изучения пятью католическими богословами, среди которых был и св. Бонавентура, в то время генерал Ордена францисканцев. В общих чертах он воспроизводил устав Клары Ассизской; монахини в нём именовались «меньшими сёстрами-затворницами» («sorores minores inclusae»). Преемник Александра IV, папа Урбан IV, стремясь объединить все монастыри кларисс под общим названием, буллой «Beatae Clarae» от 18 октября 1263 г. утвердил устав, составленный кардиналом Джованни Гаэтано Орсини (впоследствии папа Николай III). Это был модифицированный устав св. Клары Ассизской (расширенный до 26 глав), который, однако, разрешал владение совместной собственностью, а также подробно определял роль настоятельницы монастыря, утверждал правило постоянного местонахождения монахинь (stabilitas loci) и передавал управление Орденом кардиналу-протектору (через пять лет управление клариссами было возвращено генералу Ордена францисканцев, но впоследствии многие общины кларисс вновь были подчинены местным епископам). В уставе Урбана IV Орден кларисс был впервые официально назван Орденом св. Клары (Ordo Sanctae Clarae), а святая признана его основательницей. Однако многие общины кларисс отказались признать новый устав даже после того, как по распоряжению папы в текст были внесены некоторые изменения (новая редакция утверждена 7 мая 1264 г.). В результате одни монастыри придерживались устава, составленного кардиналом Уголино деи Конти ди Сеньи, другие – устава Клары Ассизской, утверждённого Иннокентием IV, или устава, полученного св. Изабеллой Французской, третьи жили по уставу Урбана IV (их называли клариссами-урбанианками, а также «богатыми» клариссами). Во второй половине XIII в. в Ордене кларисс насчитывалось 76 обителей в Италии, во Франции, в Испании, на землях Священной Римской империи, а также в Сирии.