В начале 1908 г. Кирион был отправлен в Куряжский монастырь Харьковской губернии. 1 февраля 1908 г. Никон (Софийский) перевёл епископа Леонида (Окропиридзе) на Гурийско-Мингрельскую кафедру; из Грузии был выслан один из активистов общества автокефалистов священник И. Джаши. Однако, по данным полиции, Кирион и епископ Леонид тайным образом регулярно приезжали в Тифлис на совещания автокефалистов: в феврале 1908 г. было решено любыми средствами убрать экзарха Никона (Софийского); 17–18 апреля обсуждалось убийство экзарха; 18–21 мая Кирион также приехал на очередную встречу и жил в тифлисской квартире священнка И. Чиджавадзе. По мнению Д. Гамахарии, опирающегося на сведения Тифлисского охранного отделения, Кирион в этот период был в Тифлисе лишь 10–18 апреля. В апреле экзарх, заручившись поддержкой министра внутренних дел Петра Аркадьевича Столыпина, послал в Синод проект переустройства грузинских епархий. В Тифлисе ходили слухи, что экзарх намерен выслать из Тифлиса всех автокефалистов; обстановка накалялась. 28 мая 1908 г. Никон (Софийский) был убит. Следствие показало причастность к убийству «Братства восстановления независимости (свободы) Грузинской Церкви». Кроме того, Тифлисское жандармское управление располагало сведениями о том, что у Кириона был личный мотив; была также информация, что Кирион накануне был в Тифлисе, но по справке харьковского губернатора Митрофана Кирилловича Катеринича, приобщённой к материалам дела, Кирион находился в то время в Куряжском монастыре. Немаловажное значение в расследовании имели показания И.И. Восторгова о том, что Кирион «уже с 1902 г. стал подговаривать монахов не молиться за Царя, организовывал сплетнические инсинуации на экзархов и, будучи в Орле, посылал оттуда в Тифлис на организацию деньги, собирая их всякими средствами». Причастность Кириона к убийству осталась недоказанной, однако он был арестован и запрещён в священнослужении (Российский государственный исторический архив). В защиту Кириона выступил грузинский писатель Акакий Ростомович Церетели, который писал И. Чиджавадзе: «Все мои надежды рухнули..., не щадя себя, поеду в Петербург и буду бороться до конца» (Институт рукописей имени Корнелия Кекелидзе. Личный фонд Кириона II). Харьковский губернатор М.К. Катеринич обратился в Синод с просьбой, когда дело будет закрыто, перевести Кириона в «какой-либо другой монастырь в одной из северных губерний России». Губернатор писал, что Кирион, посещая библиотеку Харьковского университета, имел «вредное влияние на учащуюся молодёжь из уроженцев Кавказа» (Государственный архив Российской Федерации). После следствия Кирион был уволен на покой в Санаксарсий в честь Сретения Владимирской иконы Божьей Матери монастырь, который находился в Тамбовской губернии. По сообщению начальника Харьковского охранного отделения от 13 января 1909 г., Кирион, выезжая из Куряжского монастыря, отправил в Гори 46 пудов книг (Государственный архив Российской Федерации). Грузинский анархист Варлаам Асланович Черкезишвили, проживавший в Великобритании, основал общество в защиту Кириона. По его просьбе протоиерей Давид Гамбашидзе выполнил перевод на английский язык материалов о Кирионе из грузинской прессы.