Однако эти сведения другими источниками не подтверждаются; исследователи полагают, что они могли появиться на основе местной легенды. Наиболее ранняя жалованная грамота Кириллову Челмогорскому монастырю была выдана великим князем Иваном IV Васильевичем в 1544 г. (упоминается в грамоте 1684 г.; Российская национальная библиотека). Елпидифору Васильевичу Барсову была известна царская грамота (он не уточняет, какая именно), согласно которой Кириллов Челмогорский монастырь был «местом ссылки для одной из жён Ивана Грозного». В 1560 гг. в Кириллов Челмогорский монастырь был сослан князь Дмитрий Иванович Курлятев-Оболенский. В начале XVII в. (в 1613 или 1614 г.) Кириллов Челмогорский монастырь был разорён польско-литовскими интервентами, о чём повествуется в Житии преподобного: «...Мнози гради, и веси, и манастыри, и святыя церькви, паче же реку и той предиреченный Чельменский манастырь, в немже воинским толпам много стоящим, и пуста его сотвориша, и потом многажды пожаром бысть сожжен» (Исторический музей). В 1630 гг. в Кирилловом Челмогорском монастыре была построена третья, надвратная церковь во имя великомученицы Екатерины. Во второй половине XVII в. большую заботу о Кирилловом Челмогорском монастыре проявили строитель иеродиакон Филофей и его родной брат иеромонах Сергий – постриженики Кожеезерского в честь Богоявления монастыря, ученики патриарха Никона, сделавшие в обитель богатые вклады – церковную утварь, книги и иконы. Указом царя Петра I от 20 апреля 1721 г. по просьбе архимандрита Иосифа Кириллов Челмогорский монастырь был приписан к каргопольскому в честь Преображения Господня монастырю, в июле 1727 г. получил независимый статус, но указом Новгородской духовной консистории от 28 марта 1748 г. вновь приписан к каргопольской обители. В 1764 г. Кириллов Челмогорский монастырь был упразднён. Деревянные Богоявленский и Успенский храмы, обветшавшие к тому времени, стали приходскими, но собственных прихожан не имели. Во владении церковного причта, состоявшего из священника и двух причётников, имелись девять четвертей пашенной земли и сенные покосы, с которых ежегодно получали около 20 возов сена. Первым иереем, приехавшим в закрытый монастырь, стал Иоанн Фёдоров (Российский государственный исторический архив). В 1788 г. в Богоявленской церкви, считавшейся главной, не было священника, причт состоял из дьячка Алексея Иванова (59 лет) и пономаря Даниила Стефанова (27 лет). В архивных документах исследователи встречают имена иереев, служивших в монастырских церквах в первой половине XIX в.: Иван Никитин (1807–1837 гг.) и Фёдор Гурьев (1840–1844 гг.). Как следует из клировой ведомости за 1826 г., Иван Никитин, 45 лет, «из великороссиян», «дьяческий сын», в семинарии не обучался, рукоположён во иерея в 1807 г. епископом Старорусским Евгением (Болховитиновым). Священник Ф.И. Гурьев составил новую редакцию Жития преподобного Кирилла Челмогорского, дополнив его «Историческим описанием Челмогорской пустыни...» и разными сведениями об обители после её упразднения во второй половине XVIII – первой половине XIX вв. Ближайшие к закрытой Челмогорской пустыни приходские церкви располагались в Лёкшмозерском (12 вёрст) и Лядинском (15 вёрст) погостах Каргопольского уезда. В 1818–1823 гг. вместо старого, деревянного Богоявленского храма на средства каргопольского купца М.Н. Лыткина был построен и освящён одноимённый «тёплый» каменный храм с приделом во имя преподобного Кирилла Челмогорского, где над мощами святого, покоившимися под спудом, стояла «рака красного дерева с клеймами с трех сторон медными посеребренными» (Национальный архив Республики Карелия).