Осенью 1239 г. по приказу Владимирского великого князя Ярослава (Феодора) Всеволодовича состоялся перенос останков Георгия Всеволодовича во Владимир-на-Клязьме. Погребение князя во владимирском Успенском соборе совершили Кирилл II, архимандрит владимирского Рождество-Богородицкого монастыря Дионисий, «игумени, и попове, и черноризци». На похоронах великого князя Георгия присутствовали его братья великий князь Ярослав и Суздальский князь Святослав (Гавриил) Всеволодович, а также «князи рустии» и «весь град Володимерь» («Полное собрание русских летописей», том 1, выпуск 2, том 25). Роль Ростовского епископа в этих событиях не была случайной. После гибели 7 февраля 1238 г. Владимирского епископа Митрофана Кирилл II в 1238–1251 гг. управлял Владимиро-Суздальской епархией и восстанавливал православные приходы в Северо-Восточной Руси (в частности, летом 1239 г. освятил церковь Бориса и Глеба в Кидекше). После смерти в 1246 г. Ярослава Всеволодовича Владимирский великокняжеский стол занял его брат Святослав. Сыновья Ярослава были недовольны полученными от него уделами. В 1247 г. Александр Ярославич (Невский) вслед за братом Андреем отправился к хану Батыю, затем в ставку великих ханов в Каракорум, откуда вернулся в конце 1249 г., получив ярлык на «Кыев и всю Русьскую землю», великим князем Владимирским стал Андрей Ярославич. Исследователи полагают, что в 1248 г. Кирилл II венчал в ростовском Успенском соборе князя Бориса Васильковича и муромскую княжну Марию Ярославну, двоюродную сестру по матери князя Александра Невского. Зимой 1248/1249 г. Кирилл II возглавил отпевание во владимирском Успенском соборе погибшего в битве с литовцами на реке Протве князя Михаила Ярославича Хоробрита. Кирилл II участвовал в отпевании там же умершего 27 декабря 1249 г. Угличского князя Владимира Константиновича, в начале января 1250 г. – в его погребении в Спасо-Преображенском соборе Углича. В начале февраля 1250 г. Кирилл II отпевал скончавшегося во Владимире-на-Клязьме Ярославского князя Василия Всеволодовича, 20 февраля участвовал в его похоронах в Успенском соборе Ярославля. Вместе с Киевским митрополитом Кириллом II, в 1250 г. прибывшим во Владимир-на-Клязьме, Ростовский епископ Кирилл II зимой 1250/1251 г. венчал важный политически, но сомнительный с канонической точки зрения брак Владимирского великого князя Андрея Ярославича и дочери Галицко-Волынского князя Даниила Романовича, которые были двоюродными братом и сестрой. В мае 1251 г. вместе с Киевским митрополитом Кириллом II Ростовский епископ Кирилл II приехал в Новгород, 25 мая оба архиерея приняли участие в хиротонии Далмата во архиепископа Новгородского. Летом 1251 г., во время тяжёлой болезни князя Александра Невского, его «Бог помилова... и молитва отца его Ярослава, и блаженаго митрополита, и епископа Кирила». В мае 1252 г., во время «Неврюевой рати», Кирилл II находился в Ростове, 2 мая в присутствии князей Бориса и Глеба Васильковичей освятил церковь во имя святых Бориса и Глеба. По мнению исследователей, Кирилл II принял участие в торжествах по случаю рождения у князя Бориса сыновей Дмитрия (11 сентября 1253 г.) и Константина (30 июля 1254 г.). Зимой 1257 г., по мнению исследователей, Кирилл II крестил в Ростове знатную монголку, жену Белозерского князя Глеба Васильковича, с которой князь приехал на Русь из Монголии; в крещении она получила имя Феодора.