18 мая 1231 г. в Ростове торжественно встречали новопоставленного епископа. Летописец сообщает, что Кирилл II как «истинныи пастырь пас стадо люди земля Ростовьскыя с кротостью», управлял Ростовской епархией, подражая своим предшественникам, не только «словом уча, но и делом кажа... многы добродетели показа, якоже истинныи святитель» («Полное собрание русских летописей», том 1, выпуск 2). 14 августа 1231 г. Кирилл II «великим священьем» освятил Успенский собор в Ростове и устроил празднование, на котором присутствовали все правители Ростовской земли с семьями. Архиерей приложил много усилий к украшению собора. Сравнивая заслуги Леонтия Ростовского и Кирилла II, летописец отмечал, что первый «просвети святым крещеньем град Ростов», а второй украсил Успенский собор «иконами многоценьнами, ихже несть мощи и сказати, и спред полы, рекше пелены». Тщанием Кирилла II в храме появились «кивота 2 многоценна», а «индитью многоценну» епископ «доспе на святеи тряпезе, ссуди ж и рипидьи, ино много множество всякых оузорочеи». Помимо этого епископ «причини же двери церковьныя прекрасны, яже наричются Златыя, сущая на полуденьнои стране» («Полное собрание русских летописей», том 1, выпуск 2). По мнению исследователей, к изготовлению золочёных дверей в ростовском Успенском соборе могла быть причастна артель мастеров, которая в 1230 гг. работала над вратами в суздальском соборе Рождества Пресвятой Богородицы, расписанными по меди техникой «огневого золочения». Между 1231 и 1236 гг. Кирилл II вложил в Успенский собор «кресты честныя, многы мощи святых в раках прекрасных в заступленье, и покров, и оутверженье граду Ростову, и христолюбцю князю Василькови, и княгине его, и сынови его Борису» («Полное собрание русских летописей», том 1, выпуск 2). Исследователи полагают, что часть чудотворных икон и мощей Ростовский епископ мог получить в 1231 г. в Киеве от митрополита и в Киево-Печерском монастыре. В начале 1230 гг. Кирилл II, по мнению исследователей, участвовал в семейных торжествах ростовских князей: 24 июля 1231 г. у князя Василька Константиновича и княгини Марии Михайловны родился сын Борис, вскоре он был крещён, летом 1236 г. родился и был крещён Глеб Васильевич, летом 1232 г. состоялась свадьба Угличского князя Владимира Константиновича. В феврале – марте 1238 г., во время монголького нашествия, Кирилл II укрылся на Белоозере. Весной этого года на месте битвы русских войск с монголами на реке Сить (4 марта) по инициативе Кирилла II были предприняты поиски останков великого князя Георгия Всеволодовича, погибшего на поле боя. После обнаружения тела великого князя Кирилл II совершил его погребение в ростовском Успенском соборе. По повелению Кирилла II и княгини Марии Михайловны в Ростов также было привезено обнаруженное в Шеренском лесу тело Ростовского князя Василька Константиновича, пленённого монголами во время битвы на Сити и вскоре убитого. Останки князя были похоронены в Успенском соборе. Исследователи не сомневаются, что по благословению Кирилла II в городах и сёлах Северо-Восточной Руси весной 1238 г. было организовано отпевание и погребение погибших во время нашествия монголов. В Ярославле массовые захоронения совершались во второй половине апреля – мае 1238 г.