В 1774 г. указаны «близ Происхождения Честного Креста Господня церкви три кельи и поварня настоятельские, под оными кельями погреба и квасоварня» (Российский государственный архив древних актов). В 1785 г. настоятельские покои упоминаются уже при «сей церкви». Исследователи полагают, что в этот период церковь была соединена с кельями, все поздние документы отмечают, что кельи находятся «при церкви» или «в одной связи» с ней. Создание каменного комплекса (1689 г.) с церковью в честь Рождества Пресвятой Богородицы, трапезной, келарской и примыкающими к ним колокольней и усыпальницей завершает формирование ансамбля монастыря в конце XVII в. Храм двухъярусный, с полукруглой апсидой. Стены и своды сложены из кирпича и гранита. Богородице-Рождественская церковь размещалась на верхнем этаже, а на нижнем в 1769 г. был освящён престол во имя Димитрия Ростовского. В 1796 г. нижнюю церковь переосвятили в честь Рождества Христова, а после пожара 1855 г. «для избежания значительных издержек» храм сначала освятили только на нижнем этаже. В 1870–1871 гг. в помещении верхней трапезы в одностолпной палате разместились два придельных храма. Верхние церкви были тёплыми, отапливались двумя печами. В XIX в. Богородице-Рождественская церковь подвергалась значительным перестройкам, особенно в 1822 г. Они коснулись второго яруса церкви: разобранный свод заменён деревянным «накатным потолком». Причиной тому послужил каменный свод, который «вмещал в себя много дикого камня и своим грузом раздавил всё здание церковное, от чего явились трещины» (Российский государственный архив древних актов). Южный угол церкви разломали до нижнего свода и переложили заново, а южная и северная стены были скреплены металлическими связями. Церковь была одноглавой, глава покрыта лемехом. После устройства в 1870–1871 гг. придельных церквей на кровле появились ещё две главы. В конце XIX – начале XX вв. все главы были покрыты металлом. К северо-западу от Богородице-Рождественской церкви расположена каменная колокольня, стены которой сложены из кирпича и гранита. Камень применён, в основном, в нижней части здания. Вверху размещалась площадка для колоколов, а под колоколами – деревянный помост. На уровне площадки в стенах – восемь арочных проёмов. В XVIII в. колокольня завершалась восьмигранным шатром и главкой, крытой лемехом (Российский государственный архив древних актов). В северной стене колокольни сделано прямоугольное углубление – колодец для часов. В монастырских описях начиная с 1693 г. упоминаются при колокольне «часы заводные, стан и одиннадцать колёс больших и малых железныя, которыя и минуты являют» (Российский государственный архив древних актов). Во второй половине XIX в. с восточной стороны колокольни построен портик на четырёх колоннах. Согласно описи 1823 г., на колокольне было девять колоколов. Два из них 1656 г. – иностранные. Ещё два колокола – вклад патриарха Никона: один 160 пудов, другой 32 пуда. Два колокола, судя по надписям, были отлиты в 1764 и 1773 гг. в обители. На одном из них была вкладная надпись: «1764 года Июня дня, лит сей колокол в Крестном монастыре, при державе благочестивейшия и Самодержавнейшия Великия Государыни нашея императрицы Екатерины Алексиевны Всея России, наследнике ея Благоверном Государе Цесаревиче и Великом Князе Павле Петровиче. При архимандрите Иоакиме с братиею. Лил сей колокол колоколенной мастер Иван Никитин Колокольников» (Государственный архив Архангельской области).