Единственным источником пресной воды на Кий-острове и в 2013 г. является колодец, созданный трудами патриарха. Согласно приходо-расходной книге 1661 г., 16 сентября «в церковь Происхождения честных древ Животворящего Креста Господня, что над кладезем, на престол и на жертвенник выдано» 12 аршин полотна «да на освященье про церковный обиход 23 гривенки» (Российский государственный архив древних актов). Стены сложены из гранита и кирпича, свод кирпичный. Алтарь отделён поперечной стенкой с тремя арками на двух столбах. На этой стенке первоначально размещался пятиярусный тябловый иконостас. Храм 1661 г. несколько раз ремонтировался. В 1823 г. был сделан снаружи контрфорс и покрыт тёсом. Во второй половине XIX в. церковь отделили от паперти поперечной стеной. В числе изменений, внесённых в здание после пожара 1855 г., было устройство белокаменных крестов. Один установлен ниже уровня земли, над колодцем, на нём вырезан семиконечный крест с орудиями страстей на Голгофе. Другой – с внешней стороны апсиды, с текстом об основании и освящении монастыря: «Ставропигий освящён во имя Святаго Его происхождения во освящение и целебного дара приснотекущих вод сих в честней обители Святаго и Животворящаго Креста Господня во царство благочестивейшаго Великаго Государя Царя и Великаго Князя Алексия Михайловича всея Великия и Малыя и Белыя России Самодержца по благословению Пресвятейшаго Великаго Господина Никона патриарха в лето 7168 года по воплощении Слова Божия 1660 года Августа в первый день». Оба креста имеют четырёхконечную форму с расширенными концами. Белокаменный крест с текстом на алтаре неоднократно воспроизводился в литературе и был определён как «закладной», современный строительству храма. Письменные источники утверждают, что оба белокаменных креста установлены много позже, во время ремонта храма в 1870–1871 гг. (Российский государственный архив древних актов). Исследователи считают, что правильнее называть эти кресты памятными. Одноглавая церковь над кладезем имела каменный барабан и, по описи 1736 г., «каменную главу крыту чешуёю» (Государственный архив Новгородской области). Деревянное перекрытие горело во время пожаров, и во второй половине XVIII в. церковь перекрыли «белым железом». Монастырская переписная книга 1666 г. указывает, что в церкви, включая алтарь, «пять окончин слюдяных больших и малых» (Российский государственный архив древних актов). С западной стороны к храму примыкает каменный келейный корпус на «хозяйственных погребах» (1693 г.). Переписная книга 1694 г. сообщает, что «вновь построены каменные погреба о трёх жирах… да квасоварня каменная». О каменных кельях описи конца XVII – начала XVIII вв. не упоминают, а опись 1839 г. сообщает, что каменные кельи построены только в 1753 г. (Российский государственный архив древних актов). Этот факт требует дополнительного подтверждения. Каменные кельи построены над каменными погребами, существовавшими с 1693 г. В описи 1772 г. отмечены «настоятельские кельи каменные в одних сводах на погребах в пяти покоях с сеньми и чуланы» (Российский государственный архив древних актов). Каменные кельи «на погребах» первоначально стояли к западу от надкладезной церкви, но отдельно от неё.