Старейшими были кладбища у Трапезной и Вознесенской церквей, уничтоженные в советское время. Возле первой сохранилось лишь погребение 1924 г. епископа Феодора (Власова). У алтарной стены Вознесенской церкви находится каменная надгробная плита, предположительно ХVIII в., надпись на которой не прочитывается. По письменным источникам исследователям доподлинно известно о захоронении у стен этого храма трёх игумений обители: Каллисфены (Милославской; ум. в 1785 г.), Августы (Апраксиной; ум. в 1804 г.) и Пульхерии (Шаховской; ум. в 1812 г.). Из 25 погребений настоятельниц, о которых есть документальные данные от 1620 гг. до 1920 гг., на территории Киевского во имя святых Флора и Лавра женского монастыря, включая кладбище на горе, найдено десять погребений. Самый большой погост у подножия Киселёвки сформировался близ Казанской церкви. В связи с его быстрым увеличением вокруг храма постепенно сносились монастырские хозяйственные постройки. Здесь были похоронены игуменьи монастыря Иувеналия (Михайлович), Серафима (Вонлярлярская), Парфения (Адабаш), профессора Киевской духовной академии Александр Леопольдович Штрогофер, Пётр Александрович Лашкарёв, Василий Фёдорович Певницкий, Аким Алексеевич Олесницкий, М.А. Соколов, князья Сергей Иванович Мещерский, И.Д. Ширинский-Шихматов и др. Присоединённый в 1834 г. участок на горе вначале был обнесён деревянной оградой, которая постепенно с конца 1840 гг. была заменена каменной. На восточном склоне посажен сад. По проекту архитектора П.И. Спарро в 1855–1857 гг. на вершине горы возвели храм во имя Пресвятой Живоначальной Троицы и в честь Ахтырской иконы Божьей Матери. Крестово-купольная церковь в русском стиле была увенчана двумя куполами: большим – посредине и меньшим – над притвором в западной части, где находилась колокольня с шестью колоколами. Высота и длина церкви составляли около 22 м, ширина – 15 м. С северо-западной стороны церкви одновременно с ней был построен одноэтажный каменный дом. В 1858–1859 гг. было завершено устройство достаточно широкой дороги к вершине горы. До её появления в большинстве случаев монахинь продолжали погребать на горе Щекавица, на общем с мирянами кладбище. В 1861 г. игуменья Агния согласовала с Киевской духовной консисторией вопрос о возможности захоронения мирян на Флоровском кладбище у Троицкой церкви. Здесь наряду с духовными лицами похоронены многие горожане, в том числе известные учёные, писатели, общественные деятели, инженеры, врачи, благотворители, среди которых профессора Киевской духовной академии и Киевского университета св. Владимира Николай Иванович Петров, Степан Тимофеевич Голубев, Орест Маркович Новицкий, Николай Дмитриевич Иванишев, князь Александр Григорьевич Баратов. Один из постоянных прихожан и благотворитель, В.И. Хомяков (похоронен к югу от Казанской церкви), установил на горе, на высоком пьедестале с южной стороны от церкви, восьмиметровый заметный издалека крест. Проекты превращения горы в зону отдыха, которые впервые появились в середине 1930 гг. и попытки начать их воплощение нарушили порядок, сложившийся благодаря упорному труду монахинь обители. После отчуждения земли от Киевского во имя святых Флора и Лавра женского монастыря, уничтожения Троицкой церкви за несколько десятков лет территория пришла в полное запустение. От кирпичной стены остались отдельные фрагменты. Оползневые процессы довершают деструктивную работу. При этом на горе сохранилась часть захоронений, надгробий и их фрагментов. Среди них – один из первых памятников с могилы вдовы статского советника Анны Михайловны Матвеевой (ум. 20 декабря 1861 г.) – матери благодетельницы Елизаветы Матвеевой, выкупившей дом для церковноприходской школы монастыря.